Mots-Clés

Bioinformatique Metabolomique Java Databases

Description

Contexte :

La Plate-Forme "Exploration du Métabolisme (PFEM) est une infrastructure publique INRAE, leader au niveau français et à l’international en métabolomique appliquée à la nutrition et à la santé. Nos principales innovations de recherche concernent le développement de méthodes analytiques basées sur la spectrométrie de masse et d'outils bio-informatiques pour une meilleure caractérisation des déviations métaboliques associées au développement de maladies métaboliques chroniques et l'étude des relations entre nutrition et santé. Cela concerne i) le profilage métabolique utilisant des approches multiplateformes dans les biofluides et les tissus, ii) le développement de stratégies analytiques pour l'identification de biomarqueurs à l'aide de la spectrométrie de masse à ultra-haute résolution et d'outils bioinformatiques, iii) le développement de modèles et d'outils pour améliorer l'extraction de connaissances à partir de données à haut débit et iv) le développement d'outils, de bases de données et de systèmes d'information basés sur les technologies des « big data » et du web sémantique pour stocker les données et exploiter les connaissances existantes. Dans le cadre du projet PeakForest.org, système d’information permettant la gestion de données spectrales, la personne recrutée sera en charge du développement informatique de nouvelles fonctionnalités orientées utilisateurs mais aussi d’un travail de refonte de l’architecture du code existant développé en Java 8.

Activités pendant le projet :

* Refonte du data model et des couches supérieures type DAO, services, mapper Dozer

* Benchmark de différents SGBD, comme PostgreSQL ou NoSQL, lorsque utilisés par l’ORM « Hibernate ».

* Développement de nouvelles fonctionnalités utilisateurs tel que

       + Améliorer le stockage des templates de métadata des expériences de chimie

+ Supporter de nouvelles familles chimiques (lipides)

+ Ajouter de nouveaux types de spectres (RMN du Phosphore)

* Construction de pipeline d’intégration et déploiement continue (sous Git/GitLab)

Compétences allant être acquises lors du projet :

* Expérience Java sur un projet national

* IDE: “Spring Tool Suite” et “Visual Studio Code”

* Spring-Boot, Spring Data JPA & Jupiter / JUnit 5 pour les tests

* Génie logiciel (Git, Docker, tests, Sonar, qualité), méthode Agile de développement

Pré requis :

* Bon niveau en Java

* Motivation à s’aguerrir en développement informatique au sein d’une équipe dynamique

* Curiosité pour les environnements pluridisciplinaire (Biologie, Chimie, Informatique)