Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

métagénomique virale, enseignement en master de métagénomique pour l'écologie microbienne

Description

L’unité Micalis se concentre sur la compréhension et la maîtrise de microbiomes alimentaires et humains au service de la santé. Le démonstrateur pré-industriel MetaGenoPolis (MGP) analyse le microbiote par des approches de métagénomique pour élucider les interactions microbiote intestinal-santé-alimentation. En s’associant, Micalis et MGP mettent leurs forces respectives en synergie afin de constituer un environnement de recherche idéal pour l’accueil d’une chaire professeur junior positionnée sur un front de science très compétitif : l’étude des bactériophages du microbiome intestinal en lien avec l’alimentation et la santé. Les travaux de la CPJ aboutiront dans un premier temps à la mise en place de pipelines bio-informatiques essentiels à l’analyse de la composante phagique du microbiote, ce qui permettra ensuite de comprendre le rôle fondamental des bactériophages sur la symbiose microbiote-hôte en lien avec l’alimentation et la santé et d’innover en élargissant l’offre des analyses spécifiques du virome proposées par MGP. Le projet Le French Gut porté par INRAE vise à analyser d’ici 2027 le microbiote intestinal de 100 000 volontaires en lien avec les données nutritionnelles et cliniques associées. Le French Gut constituera une opportunité unique pour le développement des projets de recherche de la CPJ et une source de données idéale pour ses investigations.

Le projet d’enseignement s’exercera dans le cadre de la Mention de Master Biologie Intégrative et Physiologie (BIP) portée par la Graduate School Biosphera au sein de l’Université Paris-Saclay. Il consistera à construire avec l'équipe enseignante un master traitant d’écologie microbienne et d’approches méta-omiques pour étudier les microbiomes environnementaux, alimentaires et d’holobiontes, y compris l’homme, dans un contexte de transition vers plus de durabilité et de santé globale.