Mots-Clés

scRNASeq cancer postdoc bioinformatique médicale

Description

Description du projet

Le Syndrome de Sézary (SS) est un lymphome T cutané primitif (LTCP) leucémique, rare et agressif, avec une survie d’environ 2 ans. Il est caractérisé le SS est défini par la présence d’une érythrodermie, d’adénopathies diffuses, de lymphocytes T atypiques sanguins de phénotype T CD4 (> 1000/mm3 ) et d’un clone T dominant dans le sang, la peau et les ganglion. De récentes études démontrent une hétérogénéité intra- et inter-individuelle des cellules de Sézary sur le plan génomique et phénotypique. A ce jour, ni les évènements oncogéniques impliqués dans l’initiation du lymphome, ni ceux impliqués dans leur prolifération (et agressivité) ne sont connus. Le pronostic sombre de cette pathologie s’explique en partie par la mauvaise réponse aux traitements conventionnels et du fait d’une compréhension incomplète de la pathogénèse.

Le projet a pour objectif d’étudier l’hétérogénéité tumorale de cette pathologie via une analyse single cell RNAseq de 9 lignées de SS, établies au laboratoire à partir de cellules fraîches de patients, afin d’identifier les différentes sous-populations de cellules de Sézary. L’étude en scRNAseq permettra également de déduire la trajectoire pseudo-temporelle des cellules de Sézary pour mieux comprendre la lymphomagénèse. En collaboration avec l'equipe du Dr. Macha Nikolski au CBiB, nous souhaitons construire un modèle mathématique prédictif de l’évolution clonale appliqué à des données de WES des lignées L1 à L9 et des tumeurs initiales pour modéliser l’hétérogénéité tumorale de ces échantillons et pour individualiser la cellule souche initiatrice de lymphome via des approches de déconvolution.

Ainsi, l’analyse combinée des données de transcriptomique en single cell et du whole exome nous permettra d’élucider la complexité génétique de cette pathologie, de déterminer les anomalies ayant un impact biologique et de reconstruire la lymphomagénèse. L’objectif ultime est de faire émerger des cibles thérapeutiques potentielles pour une médecine personnalisée.

Administratif

Lieu : INSERM U1312 - BRIC Trio2 Team 5/ U. Bordeaux
Date à partir du 1er septembre 2023 (2 ans)
Responsable : Audrey Gros, Service de Biologie des Tumeurs Chu de Bordeaux-INSERM U1312 - BRIC Trio2 Equipe 5/ U. Bordeaux
Co-investigateur : Macha Nikolski, CBiB, IBGC, UMR 5095 CNRS / U. Bordeaux

Profil du candidat

- Thèse de doctorat biologie/  bioinformatique / biostatistique
- Expérience en analyse de données NGS essentielle
- Expérience d’analyse de données single cell serait un plus
- Maitrise d’au moins un langage de programmation (R / Python)
- Bonnes capacités de communication, maitrise de l’anglais