Mots-Clés

Single-cell RNA-seq Spatial transcriptomic B-cell

Description

Poste à pourvoir au sein de l’équipe de Pierre Milpied « Immunologie Intégrative des Lymphocytes B » et du groupe Computational Biology, Biostatistics & Modeling (CB2M), au Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy (CIML). 

Descriptif du poste :

L’équipe du Dr. Milpied étudie la biologie des lymphocytes B dans le cadre physiologique et dans celui de maladies comme les cancers. L’équipe utilise les technologies omique au niveau de la cellule unique (single-cell) pour récupérer des données complémentaires (transcriptomique, répértoire du BCR, variants, localisation spatiale) afin d’intégrer ces informations et en tirer des réponses aux questions scientifiques. Vous serez en charge du traitement des données (scRNA-seq, spatial transcriptomic...) en relation avec l’équipe. Vous pourrez vous former aux méthodes de l’équipe en travaillant avec les bioinformaticiens et bioinformaticiennes du groupe et du CB2M.

Environnement :

Le poste se situe au CIML, centre d’immunologie de renommée internationale, localisé sur le campus universitaire de Luminy, au sud de Marseille. Vous travaillerez au sein d’une équipe pluridisciplinaire composée d’experts et expertes en bioinformatique et en analyse d’image, ainsi que d’immunologistes. Le groupe CB2M (Computational Biology, Biostatistics & Modeling) qui organise et fédère les bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML (~20 personnes) co-encadrera votre activité. Au sein du CB2M, vous bénéficierez de l’expertise existante sur les méthodes d'analyse « single-cell & spatial transcriptomics », et sur les outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data). Dans une salle dédiée, vous serez quotidiennement entouré(e) par la majorité des bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML et participerez activement au dynamisme de cette communauté.

Compétences requises :

1. Maîtrise de la programmation en R, PYTHON.

2. Maîtrise des outils d’analyse de données de séquençage à haut-débit (Illumina, Oxford Nanopore Technologies), de préférence en transcriptomique (RNA-seq, single-cell RNA-seq).

3. Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles.

4. Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.

5. Connaissance en administration système sous Unix/Linux, Shell.

Profil recherché :

Nous recherchons une personne intéressée par le nouvelles technologies omiques et leurs traitements et motivée pour apprendre dans un environnement dynamique et en constante évolution.

1. BAC+5 en bioinformatique, informatique ou mathématiques appliquées.

2. Expérience réussie en bioinformatique appliquée aux données génomiques, transcriptomiques, ou analyse quantitative d’images.

3. Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.

4. Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.

5. Travail en équipe.