Mots-Clés

Bioinformatique Analyse de données Omiques métabolomique

Description

Contexte scientifique

Le Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille recrute un(e) ingénieur d’Etudes en bio-informatique en CDD pour le projet MetConnect: Le projet MetConnect est une action Structurante soutenue par le Cancéropôle PACA et Corse et dédiée à l’analyse de profils métaboliques tumoraux, tous types de tumeurs, coordonnée par Dr Sophie Vasseur du Centre de Recherche en Cancérologie et Frédéric Bost du Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire. Cette plateforme est pilotée par un conseil scientifique composé des représentants des laboratoires participants au projet.

Le bio-informaticien recruté travaillera sous la coordination d’un bio-informaticien en charge de la gestion bio-informatique et organisationnelle des projets traités. Il sera positionné au Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille et sera intégré à la plateforme de bio-informatique intégrative Cibi dirigée par Dr Ghislain Bidaut.

Missions

- Analyse des données « omics » des projets soumis à la plateforme MetConnect (principalement transcriptomique, RNA-seq, Métabolomique) dans le cadre d’une recherche en cancérologie.

- Mettre en place, maintenir à jour, rechercher et évaluer des pipelines/méthodes pour l'analyse des données.

- Présenter ses résultats analytiques aux porteurs de projets. Contribuer aux M&M des articles.

Activités associées

- Communications des données obtenues : présentations orales (Régionales, Nationales), séminaires internes, externes.

Compétences

- Ingénieur en bio-informatique (Bac+5 Ecole d’ingénieur/Master). Très bonne capacité à travailler en équipe dans un environnement pluridisciplinaire.

- Intérêt prononcé dans l’analyse de données « omiques ».

- Très bonne capacité à utiliser les outils informatiques du domaine (R, Bioconductor, développement Python, Gestionnaire de version Git).

- Très grande rigueur dans les analyses et capacité à rédiger des rapports d’analyse concis et rigoureux.

- Bonne capacité à transmettre ses connaissances et à communiquer dans un environnement pluridisciplinaire.

- Aisance pour présentation orale des résultats

- Autonomie dans la réalisation des tâches

Requis

- Excellente capacité à travailler en groupes et avec des collaborateurs

- Fortement motivé pour le poste et rigoureux

- Autonomie

Expérience

- Pas plus de 3 ans d’expérience en tant qu’IE.

- Diplôme(s): Bac+5 Ecole d’ingénieur/Master

Centre de recherche d’accueil

Nom: Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (https://www.crcm-marseille.fr/)

Directeur: Pr Jean-Paul Borg

Tutelles: INSERM/CNRS/AMU/IPC

Adresse: 163 avenue de Luminy, Parc scientifique de Luminy, 13288 Marseille cedex 9

Equipe: Plateforme CiBi, Dir. Ghislain Bidaut (https://www.crcm-marseille.fr/equipes/plateformestechnologiques/plateforme-de-bioinformatique-integrative-cibi/)

Nature du Contrat

- Durée  CDD, 2+1 années

- Salaire 2 457,44 € /mois (Grilles salariales INSERM)

- Date début CDD: 1er Septembre 2023