Mots-Clés

intéligence artificelle histoire Naturelle analyse de données hautes dimensions biodiversité génomique images sons

Description

Les technologies d’acquisition de données multimodales et/ou à haut débit sont actuellement des méthodologies incontournables pour les projets en génomique ou imagerie, qui au MNHN concernent des taxons souvent très divergents et représentant des modèles biologiques non conventionnels. Si les chercheurs du MNHN maîtrisent parfaitement les systèmes biologiques non conventionnels dont ils sont experts, des freins demeurent dans la mise en œuvre opérationnelle des approches méthodologiques haut débit, aussi bien au niveau conceptuel que dans l’analyse des données, limitant l’exploitation et la valorisation des données obtenues.

Le Pôle Analyse de l’UAR 2700 "Acquisition et Analyse de données pour l’Histoire naturelle" a été mis en place dans le but d’organiser les efforts pour y faire face. L’objectif est d’offrir un guichet unique pour les membres des unités du MNHN pour leurs analyses de données ainsi que de les accompagner dans leurs projets ou leur proposer des formations.

La mission de l’Ingénieur de Recherche en traitement bio-informatique des données sera d’apporter son expertise opérationnelle pour développer des algorithmes permettant de valoriser davantage de projets de recherche nécessitant l’utilisation massive et croisées de données. Un recrutement au niveau Ingénieur d'Etude (Bac +5) peut également être envisagé. 

Activités

Accompagnement de projets (40%).

• Réaliser des scripts et des programmes, notamment faisant appel aux méthodes émergentes en apprentissage profond et en statistiques dans le but de faciliter le traitement, la visualisation et l’analyse de données de haute dimension variées (séquences d’ADN, de protéines, de spectrométrie de masse, de microscopie, etc.).
• Participer à l’interprétation des données en lien avec les responsables des projets de recherche ainsi qu'à leur valorisation, notamment par la rédaction d'articles de recherche et la mise à disposition des outils d’analyse développés par un système assurant la reproductibilité des analyses et le respect du principe FAIR (Github, …).
• Orienter et conseiller en amont les utilisateurs pour la mise en œuvre des protocoles expérimentaux et des méthodes d'étude. En particulier, aider les expérimentateurs à estimer la pertinence entre la stratégie expérimentale, la technologie utilisée et les moyens à mettre en œuvre pour l’analyse.
• Participer à la rédaction et la mise en œuvre de projets de type ANR ou ERC portés par des chercheurs du Muséum sur les aspects techniques de l’acquisition de données et des moyens de leur analyse.

Recherche et développement (30%).

• En lien avec les collaborations suscitées par les équipes du MNHN, développer et implémenter des méthodes d’analyse reproductibles et mutualisables, visant à mieux comprendre l'évolution des génomes et des organismes, ainsi que leur mode de vie, leur démographie et les moyens de les préserver.
• Assurer la veille technologique et scientifique sur les méthodes computationnelles de génomique, biologie intégrative et imagerie à haut débit, et pouvoir assurer le transfert aux espèces non conventionnelles d’outils d’analyse développés chez les organismes modèles (ex. souris, levure, Arabidiopsis...).

Formation (15%).

• Participer aux enseignements en analyse de données proposés par l'établissement ainsi qu’au développement de nouvelles offres pédagogiques, notamment autour de l’utilisation de l’apprentissage profond pour l’histoire naturelle.
• Participer à l'animation d'un réseau de bio-informaticiens et de chercheurs utilisant la biologie computationnelle au Muséum.

Développement et maintenance de l'outil informatique (15%).

• Développer et maintenir l’infrastructure matérielle et système nécessaire aux analyses conduites au sein de service. Participer à la maintenance du cluster de calcul en lien avec la DINSI.
• Prendre part à la gestion des documentations et protocoles nécessaires à la pérennisation au MNHN des compétences développées au cours des différents projets.