Ingénieur(e) d’études en analyse de données omiques

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CDD · IE · 12 mois (renouvelable) Bac+5 / Master MOBIDIC - UMR INSERM U1236 · Rennes (France) Grille Inserm ingénieur·e d'études en fonction de l’expérience

Date de prise de poste : 1 septembre 2023

Mots-Clés

analyse de données omiques

Description

Structure d’accueil

A propos de la Structure

Historiquement, l'UMR U1236 s'est intéressée à la physiopathologie et au microenvironnement des lymphoproliférations B, un groupe hétérogène de cancers à localisation ganglionnaire et/ou médullaire, dont l'incidence est en constante augmentation depuis 40 ans dans les pays développés et qui constitue un véritable enjeu de santé publique. De récents travaux de cartographie génétique et histologique soulignent que la lymphomagenèse est un processus complexe en plusieurs étapes comprenant des translocations chromosomiques récurrentes précoces, des altérations génétiques supplémentaires et une forte interaction avec un microenvironnement spécialisé qui évolue de manière dynamique au cours de la progression tumorale. Les modèles utilisés vont de l'in vitro (lignées cellulaires humaines et cultures primaires) à l'in vivo (modèles de souris transgéniques, syngéniques et xénogreffes) et à la recherche clinique.

Les travaux de notre unité se concentrent sur le dialogue hôte/tumeur au sein de la niche tumorale par des approches moléculaires et fonctionnelles complémentaires. Nos équipes s'intéressent également au dialogue de ces cellules dans un contexte physiologique, ainsi qu'au cours de pathologies inflammatoires et/ou auto-immunes.

Informations complémentaires : https://mobidic.univ-rennes1.fr/

Description du poste
Mission principale	Le poste répond à une demande croissante d’analyses bio-informatiques au sein du laboratoire et au besoin de structurer les premières étapes d’analyses de données de séquençage haut débit. La personne recrutée travaillera sous la coordination d’un bio-informaticien référent et en lien direct avec les biologistes responsables de chaque projet. Elle aura pour mission d’organiser, optimiser et exécuter les pipelines d’analyses primaires de données omiques générées par le laboratoire. Une évolution du poste vers des projets de développement bio-informatique (benchmarking, analyses secondaires & tertiaires) sera envisagée en fonction de la maitrise progressive des outils et concepts par la candidate ou le candidat.
Activités principales	Réaliser les analyses primaires des données de séquençage générées par le laboratoire (Bulk RNAseq, single cell RNAseq, cut&run, CHIPseq, BCRseq, HTGTS) Implémenter et maintenir les pipelines d’analyse de données Organiser la gestion des données, scripts et résultats Assurer une veille technologique des outils d’analyse Conseiller et former les biologistes de l’unité sur les techniques et outils mis en place
Spécificité(s) et environnement du poste	Le poste est localisé sur le campus Santé de l’Université de Rennes. La personne recrutée sera intégrée à la structure bio-informatique de l’UMR 1236 (composée de 4 ingénieurs bio-informaticiens) et contribuera à son développement.
Connaissances	Bases théoriques et pratiques sur la génération et l’analyse de données omiques Des connaissances en immunologie ou en cancérologie seraient un plus
Savoir-faire	Compétence dans la collecte, le traitement et l’analyse de données de séquençage (contrôle qualité, alignement, …) Travail sous environnement Linux/Unix Utilisation d’un cluster de calcul via un ordonnanceur de tâches (SLURM) Maitrise du langage R Anglais scientifique
Aptitudes	Appétence pour l’analyse et l’interprétation de données biologiques Capacité à communiquer dans un environnement pluridisciplinaire (biologistes et bio-informaticiens) Travail en équipe, sur plusieurs projets en parallèle
Expérience(s) souhaitée(s)	Expérience préalable en analyses de données de séquençage haut débit, idéalement en transcriptomique (par exemple bulk RNAseq).

Candidature

Procédure : Envoyer CV et lettre de motivation à : • Simon LEONARD (simon.leonard@univ-rennes.fr) • Karin TARTE (karin.tarte@univ-rennes.fr)

Date limite : 16 juin 2023

Contacts

Simon LEONARD

siNOSPAMmon.leonard@univ-rennes.fr

Offre publiée le 15 mai 2023, affichage jusqu'au 16 juin 2023