Mots-Clés

bio-informatique HTS omics biodiversité

Description

Missions :

L’ingénieur (e) sera chargé(e) de déployer et organiser des outils bio-informatiques pour le traitement et le stockage des données à large échelles (omics issues de séquençages haut-débit). Ces données sont acquises pour répondre à des questions biologiques et écologiques autour du criblage de diversité génétique et génomique ainsi que l'expression des gènes. Il/elle utilise des logiciels pour des traitements de base et de la programmation ad hoc pour la gestion des donnée, analyses, traitements statistiques et représentations graphiques associées.

Activités :
- Recueillir, contrôler et organiser le stockage des données issues du séquençage haut débit (séquençage d’amplicons, transcriptomes, génomes, capture, représentations génomiques, génomes nucléaires, plastidiques et mitochondriaux).
- Maitriser les méthodologies spécifiques de la (meta-) transcriptomique, la (meta-) génomique, du barcoding environnemental et l’analyse du polymorphisme de ces données (SNPs…). Ces méthodes seront susceptibles d’évoluer vers l’épigénome.
- Traiter ces données brutes avec des procédures informatiques établies, mettre ces données au format pour les analyses spécifiques de la génomique et de l’écologie.
- Obtenir et analyser le polymorphisme de séquence (ADN et ARN)
- Analyser la séquence des gènes pour rechercher les domaines et motifs protéiques
- Réaliser et tester les scripts pour analyser des données originales
- Modifier/mettre à jours des outils informatiques créés au laboratoire
- Illustrer les résultats par des graphiques représentant les données
- Réaliser des tests statistiques de base sur les résultats
- Contribuer à la formation et l'encadrement des étudiants et assurer une fonction de conseil et d'aide à des personnels de l'ensemble de l'unité
- Assurer une veille scientifique pour implémenter de nouvelles méthodes. Identifier les méthodes existantes et adéquates pour l’analyse des données sur base de la bibliographie

Compétences :
- Être titulaire d’un diplôme de niveau Bac + 5 minimum avec une spécialisation en bioinformatique
- Solide expérience théorique et pratique en bioinformatique appliquée au traitement des données du séquençage haut débit
- Maîtrise de l’informatique (aspects matériels et logiciels) incluant une solide connaissance de l’environnement UNIX/LINUX ainsi que d’au moins un langage de programmation adapté.
- Maîtrise des analyses statistiques et multivariées classiques dans R.
- Connaissances générales en écologie et biologie.
- Aptitude pour le travail en équipe, interagir avec des biologistes expérimentaux et écologues pour définir les questions, les types d'analyses et les résultats ; rigueur et organisation pour garantir la traçabilité de son travail et le respect des procédures qualité.
- Présenter ses résultats à l'oral et à l'écrit en anglais et maitrise de l’anglais : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues).

Contexte :

Au sein de l’UMR IMBE les besoins en traitement des données de séquençage haut débit sont grandissant et l’absence de personne ressource en bioinformatique représente un frein à la productivité scientifique de l’UMR. La génomique environnementale a une forte composante interdisciplinaire et un fort pouvoir heuristique en écologie. Rattaché(e) à l'équipe Origine et Evolution de la Biodiversité (OEB) de l’IMBE (Marseille, Station Marine d’Endoume), l’activité de l’ingénieur(e) sera organisée de manière à répondre aux besoins de l’UMR, et son activité sera mutualisée sur des sujets aussi divers que l’évolution des génomes, l’histoire des espèces et des populations (analyses de coalescences à l’échelle des génomes, phylogéographie), la caractérisation des assemblages d’organismes (ADN environnemental), l’expression des gènes pour l’écotoxicologue et la biologie du développement.