Mots-Clés

Intelligence Artificielle Deep Learning:bioinformatique ECG éléctrocardiogrammes développement:logiciel ingénierie logicielle

Description

La structure que vous allez rejoindre

L' Unité Mixte Internationale de Modélisation Mathématique et Informatique des Systèmes Complexes (UMMISCO UMI 209) est un laboratoire international qui rassemble des chercheurs, ingénieurs, enseignants-chercheurs et personnels administratifs dynamiques et passionnés qui développent et utilisent des approches de pointe en mathématiques (Systèmes Dynamiques, EDO, EDP, etc.) et en informatique (IA, Modélisation à base d’agents, Machine Learning, etc.) répondant à des questions liées à la science de la durabilité. UMMISCO travaille sur différentes thématiques dont la bio-informatique, la modélisation multi-agents ou encore l’intelligence artificielle. Cette alternance se déroulera principalement avec les équipes de chercheurs et ingénieurs d’intelligence artificielle, bio-informatique et applications translationnelles. Cependant de fortes interactions se feront avec les autres équipes du laboratoire.

Une mission attractive

Le monde de l’informatique médicale vous intéresse ? Vous allez contribuer à l’aboutissement de travaux de recherches en intelligence artificielle dans le cadre de maladies cardiovasculaires mais également à leur mise en exploitation réelle par le biais d’applications logicielles. En effet, les ingénieurs et chercheurs d’UMMISCO en étroite collaboration avec des spécialistes en cardiologie, développent des méthodes et outils intelligents pour la prévention, détection et compréhension de maladies cardiovasculaires. Ces approches se basent principalement sur des données de biosignaux tels que les électrocardiogrammes (ECG), d’imageries médicales (IRM) et de données Omiques de sources différentes.

Les ECG permettant de capturer l’activité électrique du cœur en enregistrant le signal à l’aide de plusieurs électrodes décrivant l’activité du cœur. Ces signaux sont par la suite utilisés pour détecter des pathologies cardiaques et mieux les comprendre. L’analyse des signaux ECG est réalisé à l’aide d’algorithmes d’intelligence artificielle (apprentissage profond, réseaux de neurones) développés au laboratoire. Ces algorithmes permettent entre autres d’automatiser les mesures précises de zones d’intérêt du signal, nettoyer/reconstruire le signal, générer du signal artificiel, segmenter avec précision le signal, prédire des risques de maladies ou conditions critiques. Nous développons également des algorithmes intelligents permettant d’interpréter les résultats issus de ces réseaux de neurones afin de mieux comprendre leur fonctionnement ainsi que les marqueurs biologiques au niveau du signal.

Nous utilisons des données riches en information et collaborons étroitement avec des cardiologues en France, en Europe et d’autres continents. De ces données nous développons des outils intelligents modernes avec pour objectif de mieux comprendre et prévenir des pathologies cardiaques telle que la mort subite. Nous collaborons également étroitement avec les pays du Sud afin d’adapter ces nouveaux outils à leurs problématiques locales mais également de les rendre plus robustes et moins biaisés par une forte représentation de données des pays Nord.

Au-delà de l’aspect recherche scientifique, nous nous focalisons également sur l’exploitation réelle de ces outils par des cliniciens, ingénieurs et chercheurs. Cette exploitation passe par le développement de solutions logicielles (applications web, mobile, API et services…). La mise en place de cet écosystème applicatif permet l’utilisation de nos méthodes et nous permet d’avoir un impact plus fort sur la société ainsi que de mieux contribuer à une science durable et utilisable par tous.

Vous bénéficierez de l’accompagnement d’une équipe riche et dynamique qui participera activement à votre formation tout au long de votre apprentissage.

Le monde du calcul intensif, du stockage, et ingénierie logicielle vous intéresse ? Contribuer à l’aboutissement de plusieurs projets dans les domaines environnemental et médical en relation avec le développement des pays de Sud vous plairait ? C’est ce que nous vous proposons en rejoignant une équipe dynamique composée d’ingénieurs de chercheurs, de post-docs et doctorants, tous spécialisés en apprentissage automatique, analyse de données, ingénierie logicielle. La plupart des membres de l’équipe sont familiers avec l’enseignement et seront ravis de vous transmettre leur savoir afin que vous bénéficiiez au mieux de votre séjour chez nous.

Au sein d’UMMISCO, nous mettons également à disposition un datacenter de calcul intensif (CPU + GPU) afin de dérouler vos travaux dans des conditions optimales. Les objectifs principaux de vos missions seront de contribuer activement à nos travaux de recherches scientifiques en IA et de concevoir et implémenter des solutions logicielles autour des outils de la recherche scientifique.

Vos activités seront les suivantes

• Travailler étroitement avec les ingénieurs et chercheurs du laboratoire sur des problématiques de recherche réelles
• Développer, entrainer et valider des algorithmes réseaux de neurones
• Maintenir et faire évoluer des bases de données massives de données (MongoDB, Cassandra, MinIO)
• Travailler avec des outils de calculs tels que : orchestrateur de calculs, environnements distribués (Kubernetes)
•  Analyser des données massives
• Concevoir et développer des solutions logicielles (plateforme web) avec des architectures orientées services (micro-services). Vous adopterez un processus de développement logiciel flexible tel qu’Agile, vous écrierez les cahiers de tests, les déroulerez et validerez. Vous configurerez des pipelines DevSecOps à travers les outils fournis par le laboratoire (CI/CD, Git, Kubernetes, SonarQube - contrôle qualité et sécurité, automatisation des tests)

Vous serez également amené à travailler sur divers thématiques simultanément, une organisation optimale du temps de travail et priorité est primordiale.

Le profil que nous recherchons

Vous commencez votre 4ème année d’université ou 2ème année de cycle ingénieur, vous commencez vos deux dernières années de master ou diplôme d’ingénieur. Vous vous engagez pour un apprentissage de deux ans continus.

Vous avez des notions et connaissances solides en développement d’applications web (full stack) :

• Java ou python, une connaissance des Framework spring, django, flask, d’autres langages de programmation ou Framework backend est très favorable
• Javascript, HTML, JQuery, CSS, une connaissance des Framework React, NextJS, Angular est très favorable

Vous avez des connaissances ou notions en ingénierie logicielle, intelligence artificielle (réseaux de neurones particulièrement), bio-informatique. Vous avez des notions ou connaissances en processus DevSecOps.

Vous souhaitez apprendre et découvrir le monde de la recherche, de l’ingénierie logicielle et plus encore. Vous faites preuves des qualités suivantes : rigueur, forte motivation, bonne compréhension de la mission que nous vous proposons, esprit d’équipe et d’analyse, autonomie, organisation, proactivité et productivité.

Vous souhaitez candidater ?

Lieux : Bondy, centre Ile-de-France IRD et Hôpital de la Pitié Salpêtrière, faculté de médecine Sorbonne Université, Boulevard de L’Hôpital, Paris 13ème

Début de l’alternance : octobre 2023

Durée de l’alternance : 2 ans

Vous devrez envoyer votre CV et une lettre de motivation. Des lettres de recommandations de vos encadrants, enseignants seront appréciées.

Votre dossier est à envoyer à ahmad.fall@ird.fr et edi.prifti@ird.fr.