Mots-Clés

génomique multi-omique séquençage Oxford Nanopore structure de la chromatine organisation tridimensionnelle du génome

Description

Missions

La mission s'intègre aux projets de recherche en génomique de l'équipe Dynamique de la Chromatine à l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule. L'équipe aborde des questions portant sur les mécanismes qui gèrent la dynamique structurale et fonctionnelle des chromosomes dans les cellules des mammifères (homme et souris). Le recrutement s'intègre dans le contexte de plusieurs projets financés par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) en cours : https://anr.fr/Project-ANR-21-CE12-0034, https://anr.fr/Project- ANR-22-CE12-0016, https://anr.fr/Project-ANR-22-CE14-0021.

L'ingénieur d'étude aura comme mission de gérer et d'effectuer les analyses en biologie computationnelle et bioinformatique sur les données génomiques dans les domaines de l'organisation tridimensionnelle (3D) des génomes et l'épigénétique. De plus, le/la candidat(e) sera responsable de la gestion des données et des outils computationnels. A l'issue des 12 mois et après une évaluation positive, le contrat peut être renouvelé pour 24 mois supplémentaires (36 mois au total).

Une description détaillée du poste est disponible à : https://mycore.core-cloud.net/index.php/s/vP0tS37opphe197 (en anglais)

Activités

- Développer et appliquer des stratégies d'analyse computationnelle et bioinformatique pour les données génomiques générées dans les différents projets de l'équipe ou les données disponible dans les référentiels publics. Il s'agit principalement des données Illumina et Oxford Nanopore sur la structure et l'organisation 3D des chromosomes (Hi-C, ChIP-seq, CUT&Tag), le méthylation de l'ADN (EM-seq, analyse de méthylation par séquençage Nanopore), et l'analyse cellule-unique et allèle-spécifique, y compris le phasage de novo des séquences génomiques.
- Collaborer avec les expérimentateurs de l'équipe, y compris dans la conception des expériences, pour favoriser une qualité et une reproductibilité optimales des données.
- En collaboration avec les expérimentalistes dans l'équipe, préparer et visualiser les données pour publication.
- Organiser, préparer et maintenir des pipelines d'analyse de données bioinformatiques selon les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable : https://www.ouvrirlascience.fr/fair-principles/). Cela inclut la responsabilité de la gestion du Github de l'équipe.
- Soutenir les membres de l'équipe avec l'analyse de routine des données génomiques (RNA-seq, ChIP-seq) et des autres questions liées à l'analyse des données (e.g. analyses statistiques).
- Gérer le stockage à long terme des données génomiques de l'équipe, y compris le dépôt dans des référentiels publics (Gene Expression Omnibus, European Nucleotide Archive, European Genome-Phenome Archive).
- Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines des génomiques et de la bioinformatique / biologie computationnelle.

Compétences

Savoir :
- Niveau M2 en bioinformatique, biologie computationnelle ou équivalent.
- Des connaissances approfondies des principes de l'analyse des données génomiques.
- Des connaissances approfondies en R, utilisation d'interprétateur de commandes (shell, unix) et au moins un langage de script largement adopté dans le domaine (PERL, Python, ...).
- Des connaissances en génomique, le séquençage Illumina et Nanopore, et leurs applications.
- Notions de l'organisation des chromosomes et l'épigénétique dans les cellules des mammifères.
- Notions des principes FAIR pour l'analyse et gestion des données génomiques.

Savoir-faire :
- Excellente maîtrise des outils de la bioinformatique et de la biologie computationnelle pour la génomique.
- Expérience de la rédaction de scripts et de la création de pipelines d'analyse de données génomiques.
- Expérience de la gestion des données et les aspects liés à l'organisation et à la diffusion des pipelines d'analyse de données.
- Habitué à faire des comptes-rendus et présentations des résultats en réunion d'équipe.
- Bon niveau en Anglais.

Savoir-être :
- Rigueur analytique.
- Excellent sens de l'organisation.
- Autonomie dans la planification et la gestion des activités.
- Capacité de raisonnement analytique et scientifique.
- Aisance relationnelle et à travailler en équipe.

Contexte de travail

La personne recrutée travaillera dans l'équipe Dynamique de la Chromatine à l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) situé à Gif sur Yvette. L'I2BC est une grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay . L'unité a un effectif moyen de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 60 équipes de recherche, diverses plateformes technologiques de haut niveau et des services support et soutien (http://www.i2bc.paris-saclay.fr/).
La personne recrutée sera encadrée par le responsable d'équipe et un maitre des conférences de l'Université Paris-Saclay.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.