Mots-Clés

bioinformatique, RNA-Seq, Hi-C, Chip-Seq, chromatine, transcription, pathogénie, microbiologie, génétique, topologie de l'ADN

Description

Stage Master2 + Thèse de doctorat - Organisation de chromosome de bactéries phytopathogènes

L'Institut Pasteur conduit des recherches biomédicales de pointe et avant-gardistes depuis plus de 130 ans. Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris, dans un environnement international et stimulant, 3000 personnes collaborent ensemble pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur.

Nous recherchons un étudiant issu d’un master en bioinformatique, microbiologie, génétique, ou biologie moléculaire pour un stage de master 2 lors de l’année universitaire 2023-2024 (qui pourra être poursuivi par une thèse financée) dans le cadre d’un projet interdisciplinaire soutenu par l’ANR qui vise à comprendre la réorganisation du chromosome bactérien lors de l’infection de plantes. Ce projet a notamment pour objectif de comprendre la relation entre la structure 3D des chromosomes et l'expression des gènes dans le contexte de la pathogénicité bactérienne.

Il/elle travaillera dans le dans l'unité Régulation Spatiale des Génomes (https://research.pasteur.fr/fr/team/spatial-regulation-of-genomes/) au sein du département Génomes et Génétique et en étroite collaboration avec le laboratoire MAP UMR5240 de l’INSA de Lyon (https://map.insa-lyon.fr/fr/content/chromatine-et-regulation-de-pathogenie-bacterienne).

L'objectif est de caractériser la dynamique des chromosomes du phytopathogène Dickeya dadantii dans des conditions de stress et pendant l'infection de la plante en utilisant les technologies de Hi-C, ChIP-Seq et de transcriptomique, afin de découvrir de nouveaux mécanismes de régulation de la virulence, avec un accent particulier sur l'activité des Nucleoid Associated Proteins (NAPs) et le supercoiling de l'ADN.

Dû au réchauffement climatique, cette bactérie est responsable de nombreuses maladies touchant des plantes comme la betterave, la pomme de terre, l’ananas générant des impacts environmental et économique importants.

Contacts : acournac@pasteur.fr sam.meyer@insa-lyon.fr

Activités principales :
- Traitement, visualisation et analyse des données de génomiques (ChIP-seq, Hi-C, RNA-seq etc) grâce à des codes Python.

- Réalisation d’expériences de Hi-C, culture bactérienne, biologie moléculaire (clonage, PCR).
- Interprétation des données biologiques et élaboration de nouveaux mécanismes

Compétences :

- Compétences en bioinformatique : langage Python, environnement Linux, script bash.

- Expérience en génétique bactérienne, RNA-Seq, ChIP-Seq, ou Hi-C (dans les bactéries ou les eucaryotes) ou autres techniques basées sur le séquençage de nouvelle génération (NGS).

- Capacité à travailler en équipe et à faire preuve d'esprit d'équipe.

- Capacité à rassembler des résultats expérimentaux et à présenter son travail oralement et par écrit.

- Bonne connaissance de l'anglais

En fonction du profil du candidat: une formation en bio-informatique pourra être réalisée au laboratoire et grâce aux formations dispensées au sein de l’Institut Pasteur.
- Créativité
- Rigueur, travail en équipe

Vos conditions et environnement de travail :
. Remboursement de 50% des titres de transport
. Forfait de 204 jours travaillés
. Cantine d'entreprise, restaurants, cafétérias
. Mutuelle et service de santé pour les collaborateurs sur le campus
. Salle de sport, plus de 30 associations culturelles/artistiques/sportives
. Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées
. Environnement international