Modélisation de l’influence du microbiote intestinal sur le métabolisme de la drosophile
Stage · Stage M2 · 6 mois Bac+5 / Master Toxalim - INRAE · Toulouse (France)
Mots-Clés
bioinformatique graphes modélisation métabolisme
Description
Contexte
L’objectif du projet dans lequel s’inscrit ce stage est de comprendre le lien entre le microbiote intestinal et la croissance des organismes en utilisant un modèle expérimental : la drosophile. Dans ce contexte, le projet ANR MicroMetabo consiste à tester expérimentalement plusieurs scénarios d’écosystèmes bactériens : de l’absence de microbiote jusqu’à différentes combinaisons de colonisation par deux espèces de bactéries. Un ensemble de mesures biologiques et biochimiques (métabolomique) permettent ensuite d’identifier les métabolites échangés entre les trois partenaires in situ et in vitro.
L’approche bio-informatique proposée pour ce stage vise à enrichir la compréhension du dialogue métabolique mis en place ainsi que de prédire des métabolites clés en lien avec les traits physiologiques observés. La méthodologie utilisée sera la modélisation du métabolisme (réseau métabolique) à l’échelle de la cellule et de l’organisme.
Objectifs
Les objectifs du stage sont les suivants:
- Développer de nouvelles méthodes informatiques pour identifier les métabolites échangés entre les trois partenaires
- Identifier les voies métaboliques activées par l’interaction entre ces trois partenaires
Pour cela, la (le) stagiaire s’appuiera d’abord sur la théorie des graphes qui permettra d’analyser la topologie des réseaux métaboliques des trois partenaires. Dans un second temps, la (le) stagiaire pourra affiner cette première analyse en modélisant les flux métaboliques pouvant expliquer les échanges entre les trois partenaires. Elle (il) utilisera les données produites par les équipes du projet MicroMetabo afin de compléter et affiner ses modèles.
Encadrement et conditions d’accueil
Le stage sera réalisé au sein d’une équipe de bioinformaticiens (5 permanents et environ 5 contractuels/doctorants/post-doc) en collaboration avec les équipes de biologistes et biochimistes impliquées dans le projet. Elle (il) sera encadré(e) par Ludovic COTTRET, ingénieur de recherche INRAE en bioinformatique.
Compétences souhaitées
- Algorithmique, en particulier en théorie des graphes
- Langage de programmation
- Linux
- Connaissances en biochimie
Liens utiles
- Article : https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3000681
- Librairie Met4j : https://forgemia.inra.fr/metexplore/met4j
Candidature
Procédure : Les étudiants intéressés doivent envoyer leur CV et une lettre de motivation expliquant pourquoi ils sont intéressés par le projet au contact indiqué. Des lettres de recommandation provenant de responsables ou d'encadrants antérieurs sont les bienvenues.
Date limite : None
Contacts
Ludovic Cottret
luNOSPAMdovic.cottret@inrae.fr
Offre publiée le 29 août 2023, affichage jusqu'au 1 décembre 2023