Mots-Clés

Single-cell RNA-seq Single-cell ATAC-seq Cellules dendritiques Immunologie Biologie computationnelle

Description

Description du projet:

Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDCs) sont des cellules hématopoïétiques caractérisées par leur capacité unique à produire rapidement de très grandes quantités d'interférons de type I et III en réponse à des stimuli de type viral (référence 1). Cependant, l'identité des pDCs est ambiguë. L'appartenance des pDCs à la famille des cellules dendritiques (DCs) ou des cellules lymphoïdes innées (ILCs) est actuellement débattue (référence 2). En effet, les pDCs sont caractérisées par 3 composantes identitaires: (i) elles possèdent une identité moléculaire spécifique conservée entre la souris et l'homme (référence 3), (ii) elles partagent des caractéristiques avec les DCs classiques (cDCs), dont un module transcriptomique spécifique (référence 3), et (iii) elles partagent également un module transcriptomique et des voies de signalisation avec les lymphocytes, en particulier les cellules B (référence 1).

L'objectif du projet sera d'élucider l'identité ambiguë des pDC, par rapport à de nombreux autres types de cellules immunitaires, en particulier les cDCs et les ILCs, en évaluant la proximité des programmes transcriptomiques et épigénétiques des pDCs, des cDCs et des ILCs. En d'autres termes, l'objectif principal sera de déterminer le positionnement des pDCs dans un atlas de cellules immunitaires, sur la base de leurs informations génomiques (single-cell RNA-seq et ATAC-seq).

Profil recherché:

Nous recherchons une personne intéressée par l’application de la bio-informatique à l’immunologie, motivée par les nouvelles technologies omiques et leurs traitements computationnel et appréciant d’apprendre et d’évoluer dans un environnement dynamique et en constante évolution.

• Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.

• Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.

• Travail en équipe.

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Compétences demandées:

• Bonne connaissance du langage R.

• Connaissance des méthodes d’analyses des données transcriptomiques (RNA-seq bulk et/ou single-cell RNA-seq)

• Connaissances des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (PCA, UMAP...)

• Bonne pratique de l’anglais scientifique écrit et oral.

• Connaissance en administration système sous Linux.

Environnement:

Le stage se déroulera au CIML, centre d’immunologie de renommée internationale, localisé sur le campus universitaire de Luminy, au sud de Marseille. Vous travaillerez au sein d’une collaboration pluridisciplinaire entre l’équipe du Dr Dalod du CIML, expert en immunologie, et le Dr Aïtor Gonzalez, expert en analyse de données du laboratoire TAGC situé sur le même campus.

Le groupe CB2M (Computational Biology, Biostatistics & Modeling), qui organise et fédère les bio-informaticiens et bio-informaticiennes du CIML (~20 personnes), co-encadrera votre activité. Au sein du CB2M, vous bénéficierez de l’expertise existante sur les méthodes d'analyse « single-cell & spatial transcriptomics », et sur les outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data). Dans une salle dédiée, vous serez quotidiennement entouré par la majorité des bio-informaticiens et bio-informaticiennes du CIML et participerez activement au dynamisme de cette communauté (voir plaquette jointe pour plus de détails).