Mots-Clés

HLA, Transplantation d’organe, Greffe de cellules souches hématopoïétiques, Bio-informatique, Base de données, Application Web, Master 2

Description

Lieu : CHU Bordeaux - Pôle de Biologie - Pathologie

Objet : Stage de Master 2 (6 mois)

Contacts : marine.cargou@chu-bordeaux.fr, louis.petrus@chu-bordeaux.fr

Mots clés : HLA, Transplantation d’organe, Greffe de cellules souches hématopoïétiques, Bio-informatique, Base de données, Application Web, Master 2

Présentation

Le laboratoire d’Immunologie et Immunogénétique du CHU de Bordeaux est un laboratoire de biologie médicale. Il comprend deux secteurs : Allergie-Humorale-Auto-Immunité et HLA-Cellulaire (HLA pour Human Leukocyte Antigens).  Le secteur HLA-Cellulaire effectue des examens en vue de la transplantation d’organes (rein, cœur, foie, poumons) et de la greffe de cellules souches hématopoïétiques (CSH). Pour cette dernière, le laboratoire concentre les activités Centre Receveur et Centre des Donneurs Volontaires de Moelle Osseuse d’Aquitaine. Le laboratoire effectue également la recherche des anticorps impliqués dans les rejets et non prises de greffes, les inefficacités transfusionnelles plaquettaires et les thrombopénies néonatales, ainsi que des immunophénotypages lymphocytaires, notamment pour le suivi de certains déficits immunitaires acquis ou héréditaires. L’ensemble de ces examens s’effectue dans le respect des bonnes pratiques du laboratoire et est soumis aux accréditations COFRAC (Comité Français d’Accréditation), EFI (European Federation for Immunogenetics) et WMDA (World Marrow Donor Association).

Les techniques utilisées sont multiples : biologie moléculaire (typage HLA, chimérisme, typage plaquettaire), techniques sérologiques (anticorps anti-HLA, anticorps anti-HPA) et cytométrie en flux (crossmatch cellulaire, immunophénotypages lymphocytaires).

Plus précisément, les techniques de biologie moléculaire pour le typage HLA et le chimérisme utilisent des techniques de pointe comme le séquençage haut débit (NGS pour Next Generation Sequencing) et d’autres techniques comme la technologie Oxford Nanopore et la PCR SSP à révélation par courbe de fusion (Sequence Specific Primers).

Sur le plan pratique vous travaillerez en binôme avec un bioinformaticien en poste au laboratoire. Il travaille sur plusieurs projets de fond dont la mise en place d’outils spécifiques pour le laboratoire et d’une base de données exhaustive.

Poste et missions

Depuis Juillet 2023, le secteur dispose d’une application Web développée en interne par notre bioinformaticien et les précédents stagiaires. Elle est dédiée au personnel du laboratoire et reliée à une base de donnée spécifiquement implémentée pour les données du secteur. Cette application est vouée à être enrichie de nouveaux outils spécifiques, selon les besoins des différents acteurs techniciens, biologistes ou coordinatrices. C’est dans ce cadre que les objectifs ci-dessous s’inscrivent.

Objectif 1 : Développement d’outils servant les besoins de contrôle qualité interne du laboratoire

Rationnel : Les contrôles internes de qualité (CIQ) sont cruciaux dans les laboratoires de biologie médicale pour garantir la précision et la fiabilité des résultats générés par chaque technique. Ils permettent aux techniciens de corriger les erreurs tout en vérifiant la précision des instruments et la cohérence au court du temps afin d’améliorer la qualité des données. La bonne tenue des CIQ sont un enjeu majeur du renouvellement des accréditations du laboratoire et pourtant actuellement en majorité effectué à la main sur Excel, avec les risques que cela implique.

Nous aurions alors besoin d’outils, intégrés à la nouvelle application Web disponible, pour permettre la gestion des CIQ des différentes techniques du laboratoire. En plus d’un système ergonomique et sécurisé d’ajout de nouvelles données, nous aimerions intégrer différentes fonctionnalités, non envisageables sous Excel, pour permettre le suivi des tendances selon les règles statistiques de Westgard, avec des alertes en cas de non-conformité et des graphiques personnalisés. Mais également en terme de sécurité des données permettre le suivi des modifications, lectures, validations. Et finalement une partie d’exportation des données sous forme de rapports PDF pour les restitutions aux instances.
Ces besoins sont amenés à évoluer en fonction des discussions entre les différents acteurs impliqués et le stagiaire autour de la gestions optimale de ces données biologiques et des règles bio-statistiques.
Un autre aspect de cet objectif sera aussi d’évaluer l’intérêt d’un outil qualité, déjà disponible dans le système informatique de l’établissement.

Objectif 2 : Poursuivre le développement de la base de données et de l’interface graphique appliquée au laboratoire

Rationnel : Le HLA est une discipline qui évolue sans cesse et qui accumule de nombreuses données. Actuellement ces données sont recopiées jusqu’à 5 fois entre la sortie de l’automate, le SIL (Système Informatique du Laboratoire) et les logiciels de l’ABM (Agence de la Biomédecine). Les études de compatibilités familiales en greffe d’organe et de CSH conditionnent réellement le choix thérapeutique et une donnée erronée peut avoir des conséquences dramatiques (surtout en greffe de CSH).

Un objectif de ce stage est également de poursuivre le travail entrepris pour adapter et développer la base de donnée ainsi que l’interface graphique pour qu’elle soit suffisamment ergonomique, sécurisée et modulable afin d'offrir des possibilités multiples dans cette discipline sans cesse en développement.
C’est en suivant les différentes techniques effectuées au laboratoire que le stagiaire pourra identifier les besoins principaux des utilisateurs et déterminer en collaboration avec l’équipe des fonctionnalités à apporter à l’interface.

Objectif subsidiaire : Participer à la rédaction de recommandations sur la conservation des données de séquençage haut-débit des laboratoires d’Histocompatibilité et Immunogénétique au niveau national puis aider à les appliquer à Bordeaux

Rationnel : Toutes les activités du laboratoire s’effectuent dans le respect de la réglementation en vigueur, des standards EFI et de la norme COFRAC NF ISO 15189. Dans ce contexte ainsi que pour des enjeux écologiques et de protection des données personnelles, le laboratoire doit se conformer aux règlementations en vigueur concernant la durée de stockage et la suppression des fichiers informatiques issus du séquençage NGS et de leur analyse. Actuellement ces règlementations ne sont pas suffisamment précises et nous seront à la date de début du stage dans les discussions au niveau national pour la rédaction de recommandations officielles pour notre secteur et ainsi standardiser les pratiques sur le territoire.

Les sauvegardes informatiques sont actuellement réalisées manuellement plusieurs fois par an. Elles ne sont pas rigoureusement classées du fait du manque de temps et de la lourdeur de la tâche mais surtout à cause d’un manque de visibilité sur les données réellement importantes dans la durée. Le stagiaire pourra participer aux discussions qui ont été engagées au sein de la société savante d’Histocompatibilité et Immunogénétique (SFHI), regroupant tous les laboratoires francophones du secteur, pour rédiger des recommandations officielles. Si cet objectif est atteint durant la durée du stage, il faudra passer en revue les données du laboratoire de Bordeaux pour mettre en place un système automatique d’archivage conformément aux recommandations. Cet axe de travail s’inscrit aussi dans le cadre de la sobriété numérique engagée dans le 9ème axe du projet d’établissement La Transformation Ecologique.

Périmètre technique du poste

Langages informatiques : Python3, Html/CSS, Javascript, SQL, Bash, (VBA)
SGBD : MySql, (Sqlite3)
Framework : Django 4
Environnements : Windows/Linux, Excel, (Oracle)

Compétences requises

• Méthodes et outils de la bioinformatique
• Rédaction rigoureuse de toutes les étapes de codes et commentaires permettant une continuité du projet
• Recherche constante d’amélioration
• Communication et esprit d’équipe
• Eventuellement, compétences en biologie générale voire en immunologie/HLA : voici un lien vers de la documentation https://nextcloud.chu-bordeaux.fr/index.php/s/jXvcTr8jwAlRPSR