Mots-Clés
génomique
bioinformatique
repositioning,génétique,meta-analyses
Description
L’équipe de recherche du CEPH (Dr Deleuze) et l’équipe de bioinformatique du CNAM du Cnam (Dr Zagury) ont obtenu un financement pour réaliser le projet de recherche Agenomics sur l’exploitation des données génomiques de cohortes liées au vieillissement et à la longévité afin d’identifier les mécanismes moléculaires du “Healthy Aging“ et développer rationnellement des tests et composés modulateurs actifs. Ce projet de recherche implique le recrutement de doctorants et post-docs pour s’appuyer sur les dernières techniques de génomique/bioinformatique et développer le projet de recherche Agenomics. Des bourses de thèse/post-doc sont ainsi ouvertes. Les candidats devront être titulaires d’un Master 2 de bioinformatique, de génomique, ou de génétique, ou d’un PhD en Génomique/bioinformatique, avoir une forte motivation pour la recherche en génomique et les connaissances requises en biologie, génétique, et bioinformatique.
Le projet Agenomics intégrera les données génomiques de plusieurs grandes cohortes françaises liées au vieillissement et à la longévité ainsi que celles issues de la base anglaise UK Biobank. Un consortium européen donnant accès à beaucoup d’autres cohortes y est associé. Les étudiants recrutés pour un doctorat mèneront des recherches sur plusieurs aspects moléculaires du vieillissement et de la longévité avec pour but final d’améliorer la prise en charge des personnes âgées et améliorer la durée de vie en bonne santé.
Les projets réalisés par les étudiants porteront notamment sur les thématiques suivantes :
-réaliser des études d’association génome-entier sur les cohortes pré-citées avec méta-analyses et identification des signaux les plus prometteurs.
-analyse intégrative des données génomiques par pathways (réseaux biologiques) et complétion par les réseaux de protéines à interaction physique connue.
-analyse des CNV à la recherche de gènes de susceptibilité ou de résistance au vieillissement.
-Recherche par séquençage complet du génome de variants rares associés à la longévité (cohortes de centenaires)
-Analyse des variants mitochondriaux et recherche d’associations dans le vieillissement ou la longévité.
-Analyse des marqueurs épigénétiques et notamment des principales horloges moléculaires décrites à ce jour.
-Identification de combinaisons d’inhibiteurs potentiels sur les meilleures cibles obtenues dans l’étude intégrative des réseaux biologiques, par repositioning d’actifs connus.
Le projet Agenomics va ainsi s’appuyer sur plusieurs méthodes d’exploration du génome pour mieux comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans le vieillissement et la longévité, et permettre, grâce à une approche systémique, le développement rationnel de stratégies d’intervention pour un Healthy Aging : tests de diagnostic ou molécules modulatrices.
Techniques bioinformatiques utilisées :
-Génomique d’association, analyse de données génotypiques de type GWAS avec contrôles de qualité (Call rate, HWE, Eigenstrat), tests de mesure des associations génétique, recherche d’association génétiques au niveau de pathways, utilisation des réseaux d’interaction protéique, imputation des données génomiques, meta-analyses, identification d‘inhibiteurs potentiels par repositioning.
-Développement informatique de pipelines de traitement des données.