Mots-Clés

ingénieur développements bioinformatiques génomique microbiologie

Description

Localisé au CEA/Genoscope, un centre de recherche scientifique dédié à la génomique environnementale, le Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030, labgem.genoscope.cns.fr) s’intéresse à l’analyse et à l’exploration de la diversité des microorganismes et de leur métabolisme. Dans ce cadre, notre équipe a développé une expertise très pointue dans le domaine de l’annotation et de l’analyse comparée de génomes microbiens notamment à travers la plateforme MicroScope (mage.genoscope.cns.fr/microscope). La plateforme MicroScope est utilisée par une large communauté de microbiologistes en France et à l’international (plus de 6 000 comptes utilisateurs) et contient près de 20 000 génomes dans son instance principale. Elle est membre de l’IFB (Institut Français de Bioinformatique, www.france-bioinformatique.fr).

Le domaine connaît plusieurs évolutions majeures: annotation de milliers de génomes, analyses métagénomiques et pangénomiques, données FAIR, etc. Ces évolutions posent des défis en matière de méthodes d’analyse, de calcul et de stockage. Dans ce contexte, la plateforme MicroScope doit continuellement être améliorée : ajout de nouvelles fonctionnalités, amélioration des interfaces web, mise à niveau de logiciels, etc.

Dans cet objectif, nous recherchons un ou une ingénieur bioinformaticien qui s’intégrera dans l’équipe de développement de la plateforme.

Mission

Participation aux développements et à l’évolution fonctionnelle de la plateforme MicroScope.

Activités

• Développement de nouveaux pipelines et intégration dans la plateforme MicroScope: comparaison de solutions, évaluation de la pertinence biologique.
• Participation à des projets de recherche et de bioanalyse.
• Participation à l’encadrement de stagiaires et d’alternants.

Profil

Ingénieur en bioinformatique (avec une composante développement) possédant des compétences dans les domaines suivants :

• Bioinformatique
• Environnement Linux (scripting, cluster)
• Programmation Python, programmation Web, conception de bases de données SQL
• Bonnes connaissances en génomique. Des connaissances en microbiologie seraient appréciées.

Expérience souhaitée : première expérience si possible mais non indispensable.

Contrat

• Ingénieur CDD-OD CEA de 36 mois.
• Rémunération en fonction du diplôme et de l’expérience (grille CEA).
• Début dès que possible.

Pour postuler, merci de nous faire parvenir un CV ainsi qu’une lettre de motivation aux adresses suivantes : acalteau@genoscope.cns.fr​, vallenet@genoscope.cns.fr.