Stagiaire M2 microbiote

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   Université Paris-Cité, Centre de Recherche sur l'Inflammation (CRI), INSERM, U1149, CNRS, ERL 8252 · Clichy (France)

Mots-Clés

métatranscriptomique, microbiota, intratumoral, cancer du pancréas

Description

Développement d'un pipeline et analyse metatranscriptomique du microbiote intratumoral des cancers du pancréas

Des preuves moléculaires solides soutiennent l’existence d'un microbiote intra-tumoral dans la plupart des cancers. Les bactéries sont principalement localisées dans le compartiment intracellulaire (cellules tumorales ou immunitaires). La présence de ces bactéries n’est pas hasardeuse car plusieurs études semblent indiquer qu’elles jouent un rôle dans la tumorigénèse, la modulation des cellules immunitaires et la réponse à la chimiothérapie, plaçant le microbiote comme nouveau partenaire du micro-environnement tumoral.

Les bactéries présentent une hétérogénéité spatiale. Cette hétérogénéité a pour but de favoriser l'aptitude de ses membres afin de maximiser leurs chances de survie. Les bactéries sont localisées dans des zones tumorales de faible prolifération, avec une suractivation des voies de signalisation liées à l'inflammation et aux métastases, ainsi qu'une diminution des voies impliquées dans la réparation de l'ADN. Il reste de comprendre leur rôle dans la progression carcinologique à des fins thérapeutiques.

Les adénocarcinomes canalaires du pancréas (ACPs) représentent des environnements uniques favorables à la colonisation bactérienne en raison de la vascularisation perméable des vaisseaux tumoraux, de l’immunoexclusion fréquente, de l’hypoxie intratumorale favorisant les espèces anaérobies et des régions nécrotiques riches en nutriments pour bactéries. L’ACP a été démembré sur le plan moléculaire par deux grands sous-types transcriptomiques : les classiques exprimant des gènes de différenciation épithéliale avec un meilleur pronostic que les basaux exprimant des gènes de transition épithélio-mésenchymateuse. D'un point de vue morphologique, l’ACP est hétérogène car différentes architectures histologiques ont été décrites et peuvent coexister au sein d'une même tumeur, introduisant le concept d'hétérogénéité intra-tumorale. La morphologie squameuse/non glandogène correspond au sous-type basal-like, tandis que la morphologie glandulaire/formant des glandes correspond au sous-type classique.

Le laboratoire d’accueil a microdissequé plusieurs zones tumorales morpholiquement différentes pour séquençage ARN dans 100 ACPs. L'objectif est de faire le lien entre les populations bactériennes et les sous-types moléculaires de l’ACP sur les données RNA-Seq.  

Le projet de recherche sera mené au sein de l'équipe de recherche bioinformatique de l'UMR1149 située à l'hôpital Beaujon sous la supervision du Dr R. Nicolle et Dr M. Hilmi. L'hôpital Beaujon est l'une des principales institutions européennes dans le domaine des maladies du pancréas. Le Dr M. Hilmi est oncologue expert en microbiote et cancer du pancréas et le Dr R. Nicolle est un expert en bioinformatique, analyses spatiales et génomique du cancer du pancréas.

Le candidat doit avec une formation en bio-informatique ou en apprentissage automatique, capable de travailler de manière autonome avec R ou Python, et avec un intérêt pour la biologie du cancer.

Candidature

Procédure : Envoyer un mail à marc.hilmi@curie.fr ou remy.nicolle@inserm.fr

Date limite : None

Contacts

Marc Hilmi

 maNOSPAMrc.hilmi@curie.fr

Offre publiée le 6 septembre 2023, affichage jusqu'au 4 novembre 2023