Mots-Clés

immunologie, rétrovirus endogènes, analyses transcriptomiques

Description

Offre de Stage Imunologie et Bioinformatique (English below)

MASTER 2 (Janvier 2024 – Juin 2024)

Role des HERVs (retrovirus endogènes humain) dans les maladies inflammatoires pédiatriques

-Laboratoire d’accueil : équipe LYACTS (Lymphocyte ACTivation and Signaling) (Dr T. Walzer). Projet « causes génétiques des maladies autoinflammatoires » (Pr A.Belot). INSERM U1111/CIRI (https ://ciri.ens-lyon.fr/). Bâtiment Franklin, 50 avenue Tony Garnier 69007 Lyon/ Service Bioinformatique et Biostatistiques du CIRI

-Nom, adresse e-mail de l’encadrant de stage :

Pour la partie biologie : Anne-Laure Mathieu : anne-laure.mathieu@inserm.fr

Pour la partie bio-informatique, Carine Rey : carine.rey@ens-lyon.fr

-Contexte scientifique : Le groupe du Pr Belot travaille sur les causes génétiques des maladies inflammatoires de l’enfant associées à une production excessive d’une cytokine anti-virale importante dans la réponse immunitaire innée, l’interféron de type I (lupus systémique, syndrome d’Aicardi-Goutieres, Interféronopathies monogéniques). Notre approche consiste à étudier des cas familiaux de ces maladies, à séquencer le génome des patients par séquençage haut débit et à identifier des variants rares et prédits pathogéniques pouvant être à l’origine de la pathologie. Nous étudions de manière expérimentale l’impact des variants génétiques sur le fonctionnement du système immunitaire afin de mettre en évidence les déficits fonctionnels des protéines mutées et définir d’éventuelles nouvelles maladies monogéniques. Nous étudions également les anomalies transcriptionnelles induites par les mutations retrouvées chez les patients. Pour cela, nous réalisons des études transcriptomiques à partir de prélèvements de cellules sanguines de patients et nous les comparons à des sujets sains. Le but de ces études est de mieux comprendre les mécanismes dérégulés suite aux mutations, qui peuvent conduire à des déficits immunitaires, afin de proposer des thérapies personnalisées.

-Projet de M2 : Récemment, il a été mis en évidence que l’excès de production d’interferon de type I chez ces patients pouvait être due à une réactivation de rétrovirus endogènes dont nous sommes tous porteurs et qui représentent 6% de notre génome. Un excès d’expression des gènes associés peut être compris par un signal danger par l’organisme, qui activera entre autres les cellules de l’immunité innée, conduisant à une réaction pro-inflammatoire inappropriée et délétère pour l’organisme. Nous avons réalisé une analyse transcriptomique sur 19 échantillons de patients atteints d’interféronopathies monogéniques et 11 échantillons sains. Nous voudrions analyser, sur ce jeu de données déjà généré, le profil d’expression des rétrovirus endogènes et le lier au déficit génétique associé. Le but du stage est de créer un pipeline permettant l’analyse spécifique des ERVs dans les jeux de données de transcriptomique. Il sera par la suite appliqué à d’autres échantillons que ceux qui serviront à la mise au point de l’outil informatique.

-Conditions de travail : le stage se fera en co-encadrement entre l’équipe d’accueil et le service de bio informatique du centre.

Profil recherché :

La/le candidat€ retenu€ aura soit suivi une formation principale en bio-informatique au cours de ses études universitaires ou bien un parcours en biologie sous réserve d’une bonne maîtrise des langages de programmation et d’une première expérience en bio-informatique.

Pre requis :

Utilisation des programmes en ligne de commande sous Linux ; connaissance du langage de programmation R ; bonnes capacités d’organisation ; capacité à travailler en équipe avec des chercheurs, biologistes et bio-informaticiens ; connaissance des principes de l’analyse RNAseq ; des notions en immunologie et/ou virologie seront appréciées.

Internship Offer

Immunology and Bioinformatics

MASTER 2 (January 2024 – June 2024)

Role of HERVs (human endogenous retroviruses) in pediatric inflammatory diseases

-Host laboratory: LYACTS (Lymphocyte ACTivation and Signaling) team (Dr. T. Walzer). Genetic causes of autoinflammatory diseases” project (Pr A.Belot). INSERM U1111/CIRI (https://ciri.ens-lyon.fr/). Bâtiment Franklin, 50 avenue Tony Garnier 69007 Lyon/ CIRI Bioinformatics and Biostatistics Department

Name and e-mail address of internship supervisor:

-For the biology section: Anne-Laure Mathieu : anne-laure.mathieu@inserm.fr

-For the bioinformatics section, Carine Rey: carine.rey@ens-lyon.fr

-Scientific background: Pr Belot's group works on the genetic causes of pediatric inflammatory diseases associated with excessive production of an anti-viral cytokine important in the innate immune response, type I interferon (systemic lupus, Aicardi-Goutieres syndrome, monogenic interferonopathies). Our approach is to study familial cases of these diseases, to sequence the patients' genomes using high-throughput sequencing, and identify rare and predicted pathogenic variants that may be at the origin of the pathology. We then set up experiments to study the impact of genetic variants on immune system function, in order to identify functional deficits in mutated proteins and define new monogenic diseases. We also study the transcriptional abnormalities induced by mutations found in patients. To this end, we carry out transcriptomic studies using blood cell samples from patients and compare them with healthy subjects. The aim of these studies is to better understand the mechanisms deregulated by mutations, which can lead to immune deficiencies, in order to propose personalized therapies.

-M2 project: Recently, it has been shown that the excessive production of type I interferon in these patients may be due to reactivation of endogenous retroviruses, of which we are all carriers and which represent 6% of our genome. Excessive expression of the associated genes can be understood as a danger signal by the organism, which activates innate immunity cells among others, leading to an inappropriate pro-inflammatory reaction that is deleterious to the organism. We performed a transcriptomic analysis on 19 samples from patients with monogenic interferonopathies and 11 healthy samples. The dataset is already generated. We would like to analyze the expression profile of endogenous retroviruses and link it to the associated genetic deficiency. The aim of the internship is to create a pipeline for the specific analysis of ERVs in transcriptomic datasets. It will then be applied to samples other than those used to develop the software tool.

-Working conditions: the internship will be co-supervised by the host team and the center's bioinformatics department.

Profile required :

The successful candidate will either have undergone main training in bioinformatics during his/her university studies, or have a background in biology, subject to a good command of programming languages and initial experience in bioinformatics.

Prerequisites :

Use of command-line programs under Linux; knowledge of the R programming language; good organizational skills; ability to work in a team with researchers, biologists and bioinformaticians; knowledge of the principles of RNAseq analysis; notions in immunology and/or virology will be appreciated.