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ChIP-seq ATAC-seq régulation transcriptionnelle cancer de la peau

Description

Description

Le métabolisme des nucléotides est une voie biochimique cruciale qui génère des molécules de purine et de pyrimidine pour la réplication de l'ADN, la synthèse de l'ARN et la bioénergétique cellulaire. Les cellules cancéreuses nécessitent une grande quantité de nucléotides et d'autres macromolécules pour croître et proliférer. Nos données suggèrent que la voie de biosynthèse des pyrimidines est surexprimée tout au long de la carcinogenèse induite par les ultraviolets (UV) et pourrait être ciblée en tant que vulnérabilités métaboliques potentielles dans le cancer de la peau. Cependant, nous savons peu de choses sur le mécanisme génétique et moléculaire sous-jacent à la surexpression de cette voie et par conséquent, le(s) mécanisme(s) de régulation de cette voie mérite(nt) d'être étudié(s) plus en détail dans le cancer de la peau afin d'établir une stratégie thérapeutique prometteuse.

Particulièrement, six gènes ont été identifiés et nous proposons une étude in silico de leur promoteur par l’analyse de la présence d’histones modifiées (ChIP-seq) et de régions accessibles (ATAC-seq) lors d’expérience de traitement UV publiées dans les bases de données ([1], [2],[3]). Le/la stagiaire intègrera ces informations afin identifier des régions régulatrices potentielles et effectuera une analyse de leur séquence afin de prédire les facteurs de transcription potentiels pouvant s’y lier. Enfin, des données d’occupation de la chromatine (ChIP-seq) des facteurs de transcription identifiés seront recherchées et intégrées si elles existent ou donneront lieu à de nouvelles expérimentations au sein de l’équipe.

Profil recherché :

- Master 2 Bioinformatique

- Connaissances en (bio)statistique et biologie

- Programmation R et utilisation de lignes de commande de base bash

- Rigueur et esprit de synthèse

- Capacité à travailler en équipe

- Motivation pour un projet pluridisciplinaire

Le stage se déroulera au sein de l’unité de recherche BRIC U1312 entre les équipes 1 et 7 sous la co-supervision de Hamid Rezvani (biologie) et Elodie Darbo (bioinformatique).

[1] Adar et al. Genome-wide kinetics of DNA excision repair in relation to chromatin state and mutagenesis. PNAS 13, 113 (2016).

[2] Liakos et al. Continuous transcription initiation guarantees robust repair of all transcribed genes and regulatory regions. Nat Commun 11, 916 (2020).

[3] Lavigne et al. Global unleashing of transcription elongation waves in response to genotoxic stress restricts somatic mutation rate. Nat Commun 8, 2076 (2017).