Mots-Clés

ontologies, modélisation des connaissances, parcours de soins

Description

Supervision :

Thomas Guyet, Equipe AIstroSight, Inria, Centre de Lyon (thomas.guyet@inria.fr)
Nolwenn Le Meur, EHESP, Rennes (nolwenn.lemeur-rouillard@ehesp.fr)
Olivier Dameron, DYLISS/IRISA, Rennes (olivier.dameron@irisa.fr)

Contexte.

Le projet SafePaw (2023-2027) est un projet qui s’intéresse à l’amélioration des trajectoires de soins, notamment par l’utilisation d’outils numériques (optimisation, apprentissage, fouille de données). Une trajectoire de soins désigne l’ensemble des soins dont bénéficie un patient. Ces soins peuvent être délivrés dans le cadre d’un parcours, c’est-à-dire d’une prise en charge pour le traitement d’une maladie.

La spécificité de l’approche du projet SafePaw est de s’intéresser à plusieurs points de vue sur les trajectoires/parcours de soins : celle du système de soin, celle du professionnel de soins et celle du patient. Selon le point de vue, l’optimisation du parcours de soins ne conduira pas nécessairement aux mêmes recommandations. Un des objectifs du projet est de pouvoir mettre en lumière ces différences et, dans la mesure du possible, de faire des propositions pour les réconcilier.

Description des objectifs du poste.

Le travail de ce poste vise à définir des fondements sur les notions de parcours de soins qui serviront tout au long du projet. Il comporte deux tâches :

- Tâche 1 : conception d’une ontologie pour la représentation des trajectoires et parcours de soin.

- Tâche 2 : outil de visualisation des trajectoires et parcours de soin.

L’objectif de la tâche 1 est de proposer une ontologie pour formaliser la notion de parcours et de trajectoire de soins. Dans la mesure où il existe un grand nombre d’ontologies en santé, un travail préliminaire de revue de ces ontologies permettra d’identifier les notions qui pourront être réutilisées. Dans un second temps, l’ingénieur sera en charge de concevoir l’ontologie en interaction avec des spécialistes des ontologies, des spécialistes des domaines applicatifs (cf. plus bas) et des membres du projet SafePaw. Il pourra s’appuyer sur les travaux préliminaires de Yann Rivault [1] et Johanne Bakalara [2], ainsi que des travaux existants sur la formalisation des données en santé (en particulier OMOP [3] et HL7-FIHR [4]).

Dans l’esprit du projet, un objectif important sera de faire en sorte d’intégrer les trois différents points de vue dans la modélisation présentés dans le contexte.

L’objectif de la tâche 2 sera de proposer un outil de visualisation (interactive), exploitant l’ontologie, et illustrant les différents points de vue sur une même trajectoire/parcours. On souhaite en effet être en mesure d’illustrer chacune de ces visions de manière spécifique de sorte à mettre en avant les différences sur une même trajectoire/parcours. Cet outil doit ainsi servir à révéler les différences, en particulier, lorsque le projet sera amené à présenter des parcours optimisés selon chacun que points de vue. Le projet priorise la conception d’une ontologie aboutie à la réalisation peaufinée de l’interface.

Ces deux tâches seront guidées par au moins deux domaines applicatifs qui pourront servir de cadre de réflexion et d’exemples : les parcours lors d’exérèse pulmonaires et les pathologies vasculaires.

[1] Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron: Similarity Measure Based on Care Trajectories as Sequences of Sets. AIME 2017: 278-282

[2] Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger:

An Extension of Chronicles Temporal Model with Taxonomies: Application to Epidemiological Studies. HEALTHINF 2021: 133-142

[3] https://documentation-snds.health-data-hub.fr/omop/introduction/omop.html#origine-verrou-dans-l-utilisation-des-donnees-de-sante-a-l-echelle-internationale

[4] https://www.hl7.org/fhir/

Profil recherché.

Le.a candidat.e sera titulaire d’un master ou une thèse dans le domaine de l’informatique et ayant, si possible, des connaissances et, dans tous les cas, un intérêt pour le domaine des ontologies et leur utilisation dans le domaine de la santé. Un intérêt pour le domaine applicatif est fortement souhaitée. Une connaissances des données de santé de l’assurance maladie (SNDS) serait un plus, mais l’ingénieur.e pourra bénéficier d’un encadrement ayant une bonne connaissance de ces données. Une connaissance de la conception de visualisations interactives serait un plus.

Une bonne compréhension de l’anglais est indispensable.

Plus important encore, nous recherchons de futurs collègues désireux d'apprendre et de progresser, et animés par la curiosité scientifique.

Outils et méthodes.

La conception de l’ontologie sera mené notamment à l’aide de l’outil Protégé, et autres outils (e.g. extraction d’ontologies http://robot.obolibrary.org/extract.html). Un outil de simulation de données du SNDS pourra servir d’exemple de données de parcours de soins.

Il est prévue de concevoir une ontologie de manière pragmatique, en particulier, nous ne ciblons pas l’utilisation d’une ontologie fondationnelle. L’ingénieur.e disposera d’une autonomie importante sur le choix de la méthode de conception et sur sa conduite.

Localisation et environnement.

Équipe AIstroSight

Inria – Centre de Lyon
Campus de la Doua
69100 Villeurbanne
et/ou
Hopital Civil de Lyon – Hôpital FME
69500 Bron

L’environnement de travail sera celui d’une équipe de recherche sur la conception d’outil numérique pour des applications en santé. Des interactions seront possibles avec l’ensemble des membres de l’équipe pour enrichir l’expérience professionnelle, notamment avec 2 ingénieurs en informatique.

Des déplacements ponctuelles à Paris seront à prévoir dans le cadre du projet SafePaw (pris en charges).