Mots-Clés

Bactéries pathogènes génomique évolution phylogénie statistique

Description

Un post-doctorat de 2 ans (avec possibilité de renouvellement jusqu’à deux ans supplémentaires) est ouvert dans l’Unité des Bactéries pathogènes entériques de l’Institut Pasteur à Paris dans le but de mieux comprendre la diversité génétique de plus de 600 souches historiques de Salmonella enterica serotypes Typhi and Paratyphi C, les agents de la fièvre typhoïde et paratyphoïde C, respectivement.  Ces souches ont été isolées de par le monde, des années 1950 aux années 1980.

Nous recherchons pour ce poste un chercheur enthousiaste, talentueux et motivé avec une expertise forte en génomique microbienne. La personne sélectionnée travaillera sous la supervision du Pr François-Xavier Weill (https://research.pasteur.fr/fr/member/francois-xavier-weill/). L’Unité des Bactéries pathogènes entériques est une unité de recherche ayant une forte implication en santé publique via la surveillance nationale par génomique en temps réel des infections à Salmonella, E. coli producteurs de Shiga-toxines, Shigella et Vibrio. Nous utilisons également les données génomiques pour étudier la structure des populations et l’évolution des pathogènes bactériens entériques émergents et/ou multirésistants aux antibiotiques (Njamkepo et al. Nat Microbiol 2016; Weill et al. Science 2017; Tran-Dien et al. Lancet Inf Dis 2018; Weill et al. Nature 2019; Mashe et al. N Engl J Med 2020; Oprea et al. Nat Commun 2020; Yassine et al. Nat Commun 2022; Lefèvre et al. Nat Commun 2023).

Le travail consistera principalement en l’analyse génomique de plusieurs centaines d’isolats bactériens à l’aide de séquences Illumina parfois complétées par des séquences MinION. Une analyse statistique sera réalisée entre les résultats de ce typage génomique et ceux d’un vieux système (lysotypie ou typage par les phages) de façon à créer un dictionnaire génotype/lysotype et ainsi établir un atlas historique en exploitant 60 années de données mondiales publiées sur les lysotypes. En fonction du profil de la personne recrutée, quelques expériences classiques de paillasse (culture bactérienne, extraction d’ADN, détermination de la sensibilité aux antibiotiques) pourront être réalisées. La personne sélectionnée sera aussi responsable de la présentation et de la publication de ses travaux.

Les candidats devront avoir un doctorat en bioinformatique ou en microbiologie avec un fort intérêt en génomique comparative et évolutive. Le candidat idéal aura déjà travaillé avec de larges jeux de données de séquences NGS et aura des publications internationales dans ce domaine en tant que premier auteur. L’écriture de scripts étant un plus.  Le candidat devra en outre posséder une bonne habilité à communiquer en anglais à l’oral ou à l’écrit.

Personne à contacter : François-Xavier Weill, fxweill@pasteur.fr