L'Université d'Evry propose un poste d'Attaché Temporaire d'Enseignement et de Recherche (ATER) à temps plein en bioinformatique et biologie végétale.

Au sein du département de biologie de l'UFR des Sciences Fondamentales et Appliquées (SFA), le ou la candidat(e) effectuera ses enseignements en Licence Sciences de la Vie (avec en particulier les enseignements de bioinformatique et de physiologie végétale) et en licence double diplôme Informatique - Sciences de la vie (en particulier des enseignements de programmation et modélisation des systèmes biologiques). Les enseignements seront concentrés sur une période de 4 mois : de mi-janvier à mi-mai. Ce poste est donc une bonne opportunité pour un doctorant qui terminerait sa thèse avant janvier et qui souhaiterait débuter un postdoc en septembre prochain.

Concernant la partie recherche de ce poste, elle aura lieu à l'Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2), institut dont les recherches sont centrées sur la compréhension des mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (bactéries et champignons) et abiotique (stress environnemental, nutriments ou autres). L’analyse de ces mécanismes est effectuée de manière intégrée à l’échelle de la cellule, de l’organe jusqu’à la plante entière. L’IPS2 applique une approche multidisciplinaire (en combinant la génomique, la biologie moléculaire et cellulaire, la bio-informatique, la biochimie, la génétique, la physiologie).

Le travail de recherche proposé au candidat se fera dans deux équipes de l'IPS2 qui travaillent en étroite collaboration:

- l'équipe « Expression des Génomes des Organites – OGE", qui a été impliquée dans le projet international « Arabidopsis Interactome Mapping »et qui a récemment amélioré et entièrement automatisé le protocole Y2, permettant de cribler un pool de 50 protéines hybrides (DB- X) contre la banque de protéines hybrides AD-AIM (environ 12000 protéines d’Arabidopsis) en deux mois. Elle a ainsi permis d'identifier 6200 interactions entre 2700 protéines.

- l'équipe « réseau génomique - GNet », qui éveloppe en parallèle une méthodologie in silico pour prédire les interactions protéine-protéine chez la plante modèle Arabidopsis thaliana en utilisant une approche d'apprentissage supervisée (basée sur la connaissance des interactions protéiques) et pour associer des probabilités d'interaction à chaque paire de protéines afin de proposer des PPIs candidates pour la validation humide.

Le ou la candidat(e) aura pour mission de croiser les résultats de double hybrides avec les résultats des prédiction d’interactions, d'analyser les propriétés des protéines partenaires et de comprendre les limites des méthodes de prédiction d'interaction mise en place afin d'en proposer des voies d'amélioration. Pour cela, il/elle devra posséder d'excellentes compétences en bioinformatique et en analyse des données. Il/elle aura aussi de bonnes connaissances en biologie végétale et une bonne connaissances de la biochimie des protéines et des processus biologiques spécifiques aux plantes. Il pourra être amené à faire ou refaire des expériences afin de compléter ou valider les hypothèses qu’il pourra poser à la suite de son analyse.