Mots-Clés

Génomique'multi-omiques'stabilité des génomes'réplication et transcription

Description

VOTRE ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL
Vous serez accueilli(e) dans l’équipe domaines chromatiniens et réplication (https://www.ijm.fr/recherche/prioleau-lab-vf/) au sein de l'Institut Jacques Monod (IJM), une unité mixte de recherche CNRS/Université Paris Cité, rassemblant environ 300 personnes et étant l’un des principaux centres de recherche fondamentale en biologie en région parisienne. L’IJM est situé au sein du campus de l’Université Paris Cité dans la zone d’activités Paris-Rive Gauche (13ème arrondissement de Paris ; accessible par tous les moyens de transports : Métro 14, RER C, Tramway T3, bus 62 et 89). L’équipe s’attache à comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de la réplication, plus particulièrement l’initiation, et sa coordination avec la transcription. L’équipe développe depuis de nombreuses années des approches génomiques pour identifier les déterminants des origines de réplication. Les données multi-omiques accumulées durant ces dernières années portent principalement sur les interactions entre réplication et transcription. Ces données ont été obtenues dans la lignée modèle aviaire DT40 ainsi que dans des organoïdes corticaux humains à un stade où les précurseurs neuronaux se divisent intensément. Le but est de comprendre les interactions entre les sites de démarrage de la réplication (origines de réplication) et le passage de la machinerie de transcription pour comprendre comment les conflits entre les deux machineries peuvent impacter la stabilité des génomes. Vous aurez l’opportunité d’interagir avec les nombreux bio-informaticiens travaillant dans d’autres équipes de l’IJM dans une pièce réservée à ces échanges. Un serveur dédié aux analyses génomiques est également disponible pour le personnel de l’IJM.

MISSION 

La personne recrutée aura pour mission d’établir une interaction étroite avec les biologistes du laboratoire afin de bien comprendre les problématiques et de développer des approches bio-informatiques qui répondront aux questionnements de l’équipe.

VOS ACTIVITÉS

Vous serez plus particulièrement en charge de :
- L’utilisation et le développement de méthodes bio-informatiques pour des analyses multi-omiques (RNA-seq, SNS-seq, Repli-seq, Chip-seq,..), développement de pipelines d’analyses pour l’équipe
- La conception des analyses en interaction avec les biologistes de l’équipe  
- La réalisation des analyses statistiques
- L’interprétation, la discussion des résultats et la rédaction des rapports d’analyses
- La traçabilité et la gestion des données
- La participation à la rédaction / relecture d’articles scientifiques

COMPETENCES

Doctorat (Bac+8) ou Master/diplôme d’ingénieur (Bac+5) avec de l'expérience dans les domaines de la bio-informatique/biologie computationnelle

avec un bon niveau dans au moins un des langages de scripts utilisés en bio-informatique (R ou python et Bash)

Connaissances souhaitées

Connaissances en analyses de données génomiques et multi-omiques

Connaissances des méthodes bio-info et statistique

Aptitudes recherchées

Aptitudes à travailler en équipe et à la gestion de projets complexes

Sens de l’organisation et rigueur

Qualité rédactionnelle

Curiosité pour l’apprentissage de nouvelles technologies/méthodes