Mots-Clés

maladies rares migration informatique web database python django

Description

Avec plus de 8 000 pathologies répertoriées, les maladies rares constituent un groupe large et hétérogène de pathologies. Elles constituent un problème de santé publique majeur par la difficulté de leur prise en charge, tant sur le plan diagnostique que thérapeutique. Le diagnostic souvent difficile repose sur de multiples évaluations cliniques, de nombreux examens complémentaires possiblement invasifs, des analyses chromosomiques, des analyses ciblées de gènes connus et plus récemment l’analyse ciblée de l’ensemble des gènes connus en pathologie humaine (séquençage haut débit). Dans le cadre de ces maladies, mais aussi dans celui des cancers ou encore des virus tels que le sars-cov2, le séquençage s’impose pour offrir à des centaines de milliers de patients un diagnostic plus rapide. Pour cela, le CHU de Bordeaux s’est doté de séquenceurs haut débit.

Il est alors nécessaire de mettre en place des procédures et des outils de gestions à la fois pour la préparation des runs de séquençages mais aussi pour la gestion et l’analyse des données issues de ces séquençages. Ces outils utilisés quotidiennement en routine doivent être maintenus et mis à jour régulièrement en intégrant les retours des utilisateurs.

Dans le cadre du développement de ces outils, le pôle de biologie et pathologie s’est vu attribué un serveur web afin d’héberger les différents outils et bases de données des services du pôle. Ce stage se décompose en deux parties complémentaires.

Dans un premier temps, le stagiaire devra s’approprier un outil développé en python et permettant d’agréger les multiples données de séquençage dans le cadre de l’analyses de patients atteints de mucoviscidose et d’aider le biologiste : 1) à intégrer les résultats des 3 outils d’analyse utilisés, 2) à l’interprétation  des variants identifiés 3) au rendu du diagnostic. Cette application préalablement packagée pour être utilisée sous windows 7 devra être transposées en application web hébergée sur le serveur mis à disposition du laboratoire. Cette application est adossée à une base de données mysql qui devra être déployée sur le nouveau serveur également. La nouvelle version web de l’outil devra alors intégrer les nouvelles fonctionnalités identifiées suite aux retours des utilisateurs.

Dans un second temps, le stagiaire devra opérer la migration de la base de données d’albinisme oculo-cutané et de l’application django associées afin de les déployer sur le nouveau serveur web mis à disposition du laboratoire et d’apporter les améliorations attendues par les biologistes comme le développement d’un formulaire simplifié pour ajouter de nouveaux patients à la base de données.