Mots-Clés

Bio-informatique Données séquençage Nanopore NGS

Description

Sujet de stage  : Développement d’un outil bioinformatique de traitement de données de séquençage NGS nanopore visant l’étude métagénomique de l’antibiorésistance microbienne.

Missions 

Vos principales missions seront les suivantes : 

Au sein du Département des Expertises Scientifiques et Technologiques de Veolia, l'équipe Monitoring & Caractérisation contribue notamment à des projets transverses de développement de procédés biologiques innovants pour le traitement et la valorisation des déchets solides et des effluents liquides, ainsi qu’à des projets de maîtrise de la qualité de l’eau ou d’optimisation opérationnelle. L’activité du Pôle s’appuie sur des outils de Biotechnologies  développés sur des matrices complexes (approches méta“omiques”, PCR quantitative, microscopie) qui permettent de déterminer la composition des communautés biologiques et de quantifier certaines de leurs fonctions et activités.

Sous la responsabilité d’un chercheur, vous intégrez une/des équipe(s) projet. Vous disposez de solides connaissances scientifiques et techniques en microbiologie et biologie moléculaire des communautés microbiennes, ainsi qu’en bioinformatique, et vous aurez à votre charge les missions suivantes:

• Porter un regard critique sur les travaux engagés.
• Construire un outil fonctionnel, entièrement maîtrisé et paramétrable pour le traitement de données de séquençage nanopore. 
• Réaliser une étude comparative entre les résultats obtenus avec l’outil développé et ceux de solutions existantes.
• Présenter et expliciter  les travaux réalisés. 
• Rédaction d’un rapport

Profil recherché

En formation bac+5 (Master 2ème année, ou école ingénieur), ayant des bases solides en bioinformatique. Des connaissances en biologie moléculaire et en écologie microbienne seraient un atout majeur.   De bonnes capacités rédactionnelles et relationnelles sont requises. Nous recherchons des personnes dynamiques, curieuses et rigoureuses.

Compétences requises

Maîtrise des outils bioinformatiques appliqués à l’environnement et/ou aux biotechnologies.

Séquençage NGS et traitements de données associées.

Utilisation de base de données.

Langages :  Bash, R, Python.

Qualités, savoir-être

• Capacités à travailler en équipe
• Excellente communication
• Dynamisme et autonomie indispensables
• Sens de l'innovation et curiosité
• Maîtrise du français et de l'anglais