Mots-Clés

génomique assemblage phyllosphère biocontrôle métabolisme métagénomique

Description

Les communautés microbiennes associées aux plantes forment des écosystèmes complexes dont la caractérisation est un levier pour de nombreuses applications agro-écologiques, telles que la réduction de l’usage des pesticides1. L’acquisition de données « omiques » combinée à des approches expérimentales d’isolement de souches et aux analyses bioinformatiques qui en découlent, permettent de générer des hypothèses sur le rôle des micro-organismes présents dans ces communautés.  Ce stage se positionne dans un projet visant à identifier et caractériser des souches microbiennes ayant une activité de biocontrôle contre le mildiou (Plasmopara viticola)2. Des souches de bactéries, levures et champignons filamenteux ont été isolées et sont en cours de séquençage avec la technologie Oxford Nanopore. Le séquençage se fait sur souches individuelles et sur une communauté artificielle composée du mélange des ADN afin de simuler une communauté microbienne réelle et obtenir des données métagénomiques.

Le ou la stagiaire recrutée aura pour mission de réaliser un assemblage des génomes associés à ces souches isolées et de caractériser leur métabolisme, en particulier secondaire. Pour cela, différents algorithmes d’assemblage seront testés3,4 et les assemblages comparés à des génomes d’espèces proches dans les bases de données. La caractérisation métabolique passera par l’utilisation d’outils tels qu’antiSMASH5, et la reconstruction de réseaux métaboliques6. Une attention particulière sera donnée aux génomes eucaryotes, pour lesquels les difficultés d’assemblage et de caractérisation fonctionnelle sont plus importantes que chez les bactéries. Une attention particulière sera donnée à l’automatisation et à la traçabilité des analyses bioinformatiques réalisées pour faciliter le traitement des futures données.

Ce stage se déroule dans le cadre d’une collaboration entre le projet PEPR Agroécologie et Numérique « MISTIC » et le projet PPR Cultiver, Protéger Autrement « VITAE ». À ce titre, le ou la stagiaire sera amenée à collaborer avec d’autres chercheurs et chercheuses au sein de l’équipe Pleiade du centre Inria de l’université de Bordeaux, mais aussi de l’équipe Genscale du centre Inria de l’université de Rennes (Riccardo Vicedomini), et des unités INRAE Biogeco (Simon Labarthe) et SAVE de Bordeaux (Corinne Vacher).

Les compétences nécessaires pour le stage sont les suivantes :

• Programmation python
• Génomique, métagénomique
• Annotation fonctionnelle