Mots-Clés

Python, R, Linux

Description

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis 60 ans, bioMérieux offre des solutions de diagnostic qui déterminent l’origine d’une maladie ou d’une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

Rejoindre bioMérieux, c’est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.

Chaque stagiaire ou alternant est accompagné par un tuteur expérimenté et formé. Il ou elle bénéficie d’un suivi et d’une évaluation l’aidant à progresser et à se préparer à la vie professionnelle.

Contexte du stage

Depuis la découverte des microbes par Pasteur, les microorganismes sont étudiés par microscopie et analyses biochimiques. Ces méthodes traditionnelles sont longues et fastidieuses, aussi bioMérieux a développé une plateforme d’identification révolutionnaire, baptisée VITEK®MS Prime. Celle-ci permet d’identifier des microorganismes en moins de 10 minutes, contre 6 à 8 heures précédemment. La technologie repose sur une intelligence artificielle capable d’interpréter un profil protéique obtenu à l’aide d’un spectromètre de masse de type MALDI-TOF.

Pour continuer à apporter des solutions innovantes, bioMérieux a engagé un programme de recherche pluridisciplinaire (microbiologie, génomique, protéomique, mathématiques, bioinformatique et informatique) en partenariat avec un laboratoire académique (thèse de doctorat en cours).

Le stage s’insérera dans ce contexte et se déroulera à bioMérieux sur le site de Marcy l’Etoile au sein du Département de Recherche en Microbiologie dans le Laboratoire de Spectrométrie de Masse.

Quelle est votre mission chez bioMérieux ?

L'objectif du stage sera de participer au développement de nouvelles méthodes de caractérisations de microorganismes à partir de données VITEK®MS. Plus particulièrement, il vise à prédire certaines caractéristiques à l’aide d’heuristiques et d’algorithmes de machine learning. Une attention spéciale sera accordée à la pertinence et à l'explicativité de l'approche retenue.

Le déroulement du stage peut être décomposé en 4 volets :

• Immersion dans la problématique du laboratoire et compréhension de la question biologique (aucune connaissance en biologie n’est requise, le stagiaire sera formé au laboratoire).
• Formation à l'utilisation des ressources de calcul et au développement d'outils internes.
• Proposition d’une solution technique en discussion étroite avec l’équipe du laboratoire.
• Implémentation de la solution retenue et déploiement de l’outil validé au sein de la plateforme interne de bioMérieux.

Qui êtes-vous ?

• En troisième année d’école d’ingénieur ou niveau master 2 dominante informatique, science des données, ou bioinformatique

• Langages de script : R et/ou Python
• Data-science : statistiques exploratoires et apprentissage supervisé
• Informatique : utilisation de linux en lignes de commandes, gestion de version via Git & GitLab, gestion de pipeline (Snakemake / Nextflow)
• Mathématiques appliquées: une bonne compréhension des modèles d’apprentissages classiques sera demandée (kNN, regression logistique, SVM, Random Forest, Gradiant Boosting …)
• Des compétences bioinformatiques (génomique comparative) seraient un plus mais ne sont pas un prérequis.

Le stage est basé à Marcy L'Etoile, site accessible depuis Lyon en transports en commun via la ligne de bus 98 ou 98E de Gorge de Loup.

La gratification mensuelle pour un stagiaire est attribuée dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l’étudiant et est supérieure au minimum légal.

 Les + :
• Restaurant d’entreprise avec participation de l’employeur.
• Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.
• Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.