Mots-Clés

Jbrowse, génomique, séquençage, génomique comparée

Description

Grâce aux nouvelles méthodes de séquençage « long reads » (séquençage PacBio HIFI), nous pouvons désormais assembler des génomes hétérozygotes diploïdes. La visualisation des génomes qui se faisait auparavant sur un seul brin évolue et doit tenir compte de toute l’information disponible.

Cette question se pose actuellement pour les études de génomique en cours sur le mildiou de la vigne, qui est l’agent causal d’une maladie majeure du vignoble, et qui a un génome diploïde.

Dans ce contexte un premier prototype de machine virtuelle hébergeant un seul génome de référence haploïde a été construit avec l’application Jbrowse2.

L’étudiant recruté aura en charge de :

• Faire le Jbrowse pour les haplotigs en s’inspirant de ce qui a été fait sur le génome de la vigne.
• Traiter les 200 souches à ajouter en mode pipeline à automatiser (type nextflow ou snakemake)
• Lier les résultats de BLAST au JBrowse en modifiant le sequence server installé.
• Développer un outil (type Apollo) ou des workshops pour curer les annotations du génome.