Mots-Clés

Bioinformatics, evolution, markers, phylogeny, paleoproteomics, ZooMS, ancient proteins

Description

La paléoprotéomique est une technique en plein développement qui permet l'assignation d'échantillons anciens, tels que des fragments d'os ou de dent. Les applications en paléontologie et archéologie sont nombreuses: identification d'espèces éteintes, renouvellement faunique, habitudes alimentaires, domestication...

Par comparaison au séquençage d'ADN ancien, l'analyse se fait à partir de protéines conservées, telles que le collagène, qui sont traitées par spectrométrie de masse.  L'interprétation des spectres nécessite ensuite un traitement bioinformatique adéquat, qui combine des approches standards de protéomique (quantification, comparaison à des bases de données) et spécifiques aux donnnées anciennes (recherche de pics caractéristiques, etc.), tout en tenant compte de la dégradation du matériel biologique et la présence de contaminants.

L'objectif du stage est de participer à la mise en place d'un système d'information pour l'analyse automatique de spectres de masses en paléoprotéomique. Le travail à réaliser portera plus particulièrement sur un outil d'identification, visualisation et interrogation de peptides.

Compétences souhaitées: programmation en python, algorithmique des séquences, phylogénie, développement web, bonnes pratiques de développement, reproductibilité

Lieu du stage: Cité Scientifique, Université de Lille (Villeneuve d'Ascq)

Encadrement:
- Hélène Touzet, bioinformaticienne (DR CNRS, CRIStAL UMR 9189), 
- Fabrice Bray, responsable de la plateforme de paléoprotéomique (IR CNRS, MSAP UAR 3290)

Le stage a vocation à être poursuivi en thèse, dans le cadre d'une collaboration plus large avec d'autres partenaires lillois et nationaux.