Mots-Clés

R, RNA-seq, analyse statistique multivariée, biologie des systèmes

Description

L'IRSN, Etablissement Public à caractère Industriel et Commercial (EPIC) – dont les missions sont désormais définies par la Loi n° 2015-992 du 17 août 2015 relative à la transition énergétique pour la croissance verte (TECV) – est l'expert public national des risques nucléaires et radiologiques. L'IRSN concourt aux politiques publiques en matière de sûreté nucléaire et de protection de la santé et de l'environnement au regard des rayonnements ionisants. Organisme de recherche et d'expertise, il agit en concertation avec tous les acteurs concernés par ces politiques, tout en veillant à son indépendance de jugement.

Thématique :

L’exposition à de faibles doses de RI déclenche un ensemble d’événements moléculaires et cellulaires, aboutissant à des effets physiologiques et épidémiologiques. Dans ce contexte, le séquençage RNA-seq est une approche qui permet l’identification   de gènes caractéristiques et de schémas d’expression génique radio-induits associés. Cependant les données utilisées dans la compréhension mécanistique des   faibles doses sont parfois contestées et font l’objet de recherche sur les protocoles de pré-traitement et d’analyse adéquats.

Missions:

L’objectif de ce stage est de développer un pipeline d’analyse de données RNA-seq pour les RI à faible dose. Ce pipeline devra être modulable et robuste pour être mis en pratique au sein du laboratoire. Le/ la candidat(e) comparera dans un premier temps les pipelines classiques pour identifier les paramètres bio-informatiques les plus adapté pour l’analyse de données RNA-seq dans le contexte d’exposition à de faible doses de radiations. Ceci permettra d’acquérir une vision globale et précise des réponses moléculaires mises en place dans ce contexte d’exposition. Par la suite, le workflow d’analyse d’expression différentielle sera accompagné par une analyse d’enrichissement des voies biologiques. Une étude comparative entre l’expression différentiel et les analyses multivariées sera également menée.

Deux bases de données transcriptomiques seront utilisées dans ce projet : la première porte sur l’étude de la réponse du système cardiovasculaire à des expositions chroniques ou aiguës dans des gammes de doses faibles à modérées. La deuxième vise à étudier les effets cérébraux d’une exposition chimique à l’inhalation de particules de tungstène seules ou associées à une exposition radiologique sous forme de rayons gamma faible dose.

Profil :

Le stage s’adresse à des étudiants de Master 2 ou de 3ème cycle en école d’ingénieur en bio-informatique ayant connaissance de l’analyses de données omiques, notamment transcriptomiques.  Il/elle devra mobiliser les compétences suivantes : 1/ Connaître et utiliser R pour la réalisation des analyses exploratoires et biostatistiques 2/ Connaître le domaine d’activité (biologie, transcriptomique) 3/ Être à l’aise avec l’environnement Unix