Mots-Clés

Hétérozygotie, SNP, microsatellites, fitness, immunocompétences, génomique, statistiques

Description

Contexte scientifique :

Chez de nombreuses espèces, une relation a été établie entre la diversité génétique et l'immunité. Les individus présentant une plus grande diversité génétique, notamment au niveau du Complexe Majeur d'Histocompatibilité (CMH) chez les vertébrés ou au niveau d'autres molécules (DSCAMs, FREPS, …) chez les invertébrés, ont tendance à présenter une meilleure réponse immunitaire face à leurs pathogènes. Chez le crustacé isopode terrestre A. vulgare, des études antérieures [1] ont montré que la diversité génétique influençait la taille des individus, le nombre de descendants et le choix des partenaires, faisant de ce modèle biologique un modèle idéal pour explorer le lien entre diversité génétique et immunocompétence. Hypothèses testées dans le projet : L'objectif de cette étude est d'examiner comment la diversité génétique des individus A. vulgare, mesurée à l'aide de marqueurs microsatellites neutres et de marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) générés par la méthode GBS (Genotyping-by-sequencing [2]), affecte leur immunocompétence. En plus de la diversité génétique neutre, l'utilisation de SNP permettra potentiellement d'identifier des séquences fonctionnelles hautement polymorphes liées à l'immunité. Toutes les données brutes nécessaires à la réalisation de ce stage sont à notre disposition. Pour les obtenir, nous avons exposé des individus mâles et femelles d'A. vulgare, avec ou sans leur endosymbiote bactérien Wolbachia, à une infection par l'agent pathogène Salmonella sp.. Nous avons suivi ces individus en examinant leurs paramètres immunitaires et leur survie, puis nous avons extrait leur ADN. Nous avons effectué le génotypage des marqueurs microsatellites existants, et nous avons à notre disposition les données brutes pour génotyper les individus à partir des SNP et estimer le niveau d'hétérozygotie sur ces marqueurs. Grâce au séquençage et à l'annotation du génome d'A. vulgare réalisés récemment par notre équipe EES, ce stage nous permettra d'aller encore plus loin en identifiant les régions génomiques présentant une forte diversité.  Compétences particulières souhaitées : 

Les activités du stage incluront l'analyse de séquences génomiques obtenues par GBS (Genotyping-bysequencing), l'évaluation des niveaux d'hétérozygotie à partir de marqueurs neutres tels que les microsatellites, ainsi que l'examen des marqueurs neutres et fonctionnels (SNP). Des analyses statistiques seront également effectuées, tout en encourageant la lecture de la littérature scientifique pertinente. Enfin, le stage comprendra la rédaction d'un rapport, et si possible, la préparation d'une publication scientifique. 

Compétences particulières souhaitées : 

Compétences en analyses de données génomiques, fort intérêt pour les analyses statistiques et l’écologie évolutive. Forte motivation. 

Références bibliographiques

1) Durand Sylvine (2017) Mécanismes évolutifs à la base du maintien de la diversité génétique et conséquences adaptatives chez l’isopode terrestre A. vulgare. Thèse.

2) Elshire et al 2011. A robust, simple GBS approach for high-diversity species. Plos One 6 e19379.