Mots-Clés

Bioinformatique, base de données, flask, dash, javascript, levure, bactéries

Description

Description de l’entreprise 

Acteur mondial de référence dans le domaine des levures et de la fermentation, Lesaffre conçoit, produit et apporte des solutions innovantes pour la panification, le goût & plaisir alimentaire, le bien-être & la santé et la biotechnologie.  

Groupe familial, né dans le Nord de la France en 1853, aujourd’hui multi-local et pluriculturel, Lesaffre s’engage à entreprendre avec confiance pour mieux nourrir et protéger la planète.  

Proche de ses clients et de ses partenaires, Lesaffre emploie 10 700 collaborateurs répartis dans près de 80 filiales implantées dans une cinquantaine de pays.  

Lesaffre réalise un chiffre d’affaires de 2,2 milliards d’euros dont plus de 40% dans les pays émergents.  

Contexte 

De nombreuses données génomiques de levure ont été générées par le département R&D de Lesaffre. Par ailleurs, une plateforme web a déjà été développée en interne pour permettre un accès aisé à ces données par les collaborateurs. Nous avons maintenant besoin de pouvoir visualiser ces données, de comparer différentes souches et d’afficher des statistiques sur un dashboard.

  
Description du Stage  

Au sein de l’équipe Bioinformatique de l’activité BioData, vous contribuez au développement d’une plateforme de visualisation de données génomiques de levure. Le candidat pourra s’appuyer sur des frameworks existants (Flask, igv.js, Dash), reposant sur la technologie javascript.  

  
Missions  

• Construire une BDD relationnelle avec les données génomiques,
• Développer un dashboard de statistiques (Dash),
• Implémenter des outils de visualisation des génomes et de leurs variants (igv.js),
• Développer des outils de comparaison des diverses souches (variants, copy numbers),
• Maintenance et amélioration de la plateforme existante.

Profil  

• Etudiant en Master 2 ou équivalent avec une spécialisation en bioinformatique,
• Connaissance des données de génomique (variants, copy numbers),
• Connaissance en HTML, Python (Framework Flask, Dash) et Javascript,
• Connaissance des bases de données structurées (SQL),
• Un plus : connaissance du plugin IGV.js et de AWS S3,
• Autonome, rigoureux(se), réactif(ve) et êtes doté(e) de réelles capacités à travailler en équipe 
• Bonne maîtrise de l’anglais (écrit et oral)