Mots-Clés

Génomique Transferts Horizontaux Génomes assemblés Plantes grimpantes Séquençage long-reads

Description

Identification de transferts horizontaux entre lianes et arbres par une approche d’analyse de génomique comparative

Contexte

Les transferts horizontaux sont des phénomènes biologiques qui consistent en l’échange de matériel génétique entre des individus d’espèces non apparentées. Ces phénomènes sont bien connus chez les procaryotes, mais leur documentation chez les eucaryotes (dont les plantes) est beaucoup plus récente.

Les derniers travaux de notre équipe ont permis de mettre en évidence plusieurs transferts horizontaux entre deux espèces de plantes grimpantes, le lierre et le tamier, et plusieurs espèces d'arbres (voir référence). Ceci démontre pour la première fois l'existence d'échanges génétiques inter-espèces entre les lianes et les arbres. Pour aller plus loin, nous avons récemment séquencé et assemblé les génomes de 12 espèces de plantes grimpantes échantillonnées au sein d’une réserve naturelle locale (forêt de la Massane), en utilisant la technologie PacBio. Ces données génomiques permettront d’explorer les transferts entre lianes et arbres à très grande échelle.

Le ou la candidat(e) sera chargé(e) de caractériser les transferts horizontaux entre les lianes et arbres en exploitant les génomes nouvellement séquencés ainsi qu’une centaine d'autres génomes. Pour cela, il/elle sera amené(e) à élaborer et/ou optimiser des méthodes bio-informatiques déjà utilisées au sein de notre laboratoire pour l'identification des transferts horizontaux dans des génomes assemblés. Il ou elle pourra aussi être amené(e) à analyser les profils d’expression des gènes identifiés comme étant horizontalement transférés, en utilisant des données RNA-seq.

Objectifs du stage

• Développer de nouvelles méthodes bio-informatiques pour identifier des transferts horizontaux au sein de génomes assemblés.

• Valider l’hypothèse selon laquelle les transferts horizontaux sont plus fréquents chez les lianes en comparaison à d’autres espèces de plantes.

Profil de candidat recherché

• Étudiant(e) en bio-informatique (en Master 2 préférablement) ou domaine connexe.

• Bases solides en programmation (Bash, Python ou R).

• Compétences en analyse phylogénétique/phylogénomique.

• Compétences en analyse de données omiques sera un plus.

• Autonome, rigoureux(se) et doté(e) d'un esprit d'équipe.

• Bonne maîtrise de l’anglais (écrit et oral).

Encadrement et conditions d’accueil

• Le stage sera co-encadré par le Dr Moaine El Baidouri (chercheur CNRS) et Lee Mariault (doctorant en deuxième année).

• Le ou la stagiaire sera hébergé(e) au sein de l’équipe MANGO (http://lgdp.univ-perp.fr/index.php?page=equipe-5) du laboratoire génome et développement des plantes à l’universtié de Perpignan Via Domitia.

• Le ou la stagiaire bénéficiera d’un accès à un serveur de calcul bio-informatique,

• La durée prévue du stage est de 5 à 6 mois en fonction du parcours de l’étudiant et débuterait en janvier ou février 2024.

• La gratification du stage sera d’environ 570 euros par mois (selon barème en vigueur).

• Selon son attrait pour la recherche et l’avancement du sujet, le ou la stagiaire pourra éventuellement poursuivre en thèse en fonction des possibilités de financements.

Référence

Genome-wide analysis of horizontal transfer in non-model wild species from a natural ecosystem reveals new insights into genetic exchange in plants . Aubin E, Llauro C, Garrigue J, Mirouze M, Panaud O, El Baidouri M (2023). PLoS Genet 19(10): e1010964. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1010964