Mots-Clés

Aquaculture Génétique Phénotypage GWAS R

Description

Ce stage se déroulera sur la station expérimentale de l’UMR-MARBEC (IFREMER) à Palavasles-Flots (34250) dans le cadre du projet ANR FishNess.

Ce projet vise à étudier la robustesse du bar européen, Dicentrarchus labrax, en combinant biologie expérimentale, génomique et modélisation dans un contexte de réchauffement climatique. En utilisant la variabilité des populations naturelles de bar, qui sont structurées en trois grands ensembles Atlantique (AT), Ouest-Méditerranée (OM) et Est-Méditerranée (EM) (Vandeputte et al., 2019), FishNess bénéficie de populations à priori pré-adaptées à des conditions thermiques très différentes (moyennes annuelles AT : 13.8 °C, OM : 16.5 °C et EM : 22.2 °C).

Les objectifs de recherche de FishNess sont basés sur : (i) l’étude de la variation phénotypique de robustesse entre les 3 populations naturelles ; (ii) l’étude de la composante héréditaire de la variation individuelle des traits de robustesse, à l’aide d’outils génomiques et (iii) le développement et le paramétrage des modèles bioénergétiques au niveau individuel, puis passer à une dynamique éco-évolutive au niveau de la population.

Pendant le stage, une des activités sera d’aider et de participer à la gestion des bars élevés dans le cadre du projet FishNess. En parallèle, l’étudiant réalisera l’analyse des données récoltées. Plusieurs étapes d’analyses sont envisagées avec notamment (i) le nettoyage bioinformatique des données brutes, (ii) une réflexion sur les méthodes et modèles statistiques pouvant être appliquées sur le jeu de données, ainsi que leurs applications et (iii) la réalisation d’études d’association pangénomiques pour identifier des régions génomiques (QTLs) en lien avec les phénotypes mesurés. La cartographie fine du génome de bar permettra de mieux connaître l’architecture génétique des populations utilisées et ainsi, identifier de potentiels processus biologiques sous-jacents aux différentes populations de bar étudiées dans le projet FishNess

Objectifs du stage :

1) Aide à la gestion de l’élevage des bars FishNess

2) Organisation et participation aux biométries et abattages

3) Nettoyage des données phénotypiques enregistrées

4) Analyse de la variabilité génétique du bar

5) Identification de régions génomiques (QTLs) associés à des caractères obtenus à l’issu des biométries pour une meilleure connaissance des populations de bars étudiés