Mots-Clés

Phylogéographie Agent pathogène de mollusque Epidémiologie spatiale

Description

Sujet de stage : Phylogéographie d’OsHV-1 et prédicteurs environnementaux de diffusion spatiale

Niveau : Master 2

Durée : 6 mois

Indemnités de stage : oui

Lieu de stage : Station Ifremer de La Tremblade, Avenue Mus de Loup, Ronce-les-Bains 17390 La Tremblade

Encadrante : Maude Jacquot, Chargé de recherche

Contexte :

Ce stage s'inscrit dans le cadre de recherches en épidémiologie et évolution des virus, avec un focus particulier sur OsHV-1 (virus de l'herpès des huîtres). OsHV-1 est un pathogène qui affecte les populations de naissains d'huîtres et peut avoir un impact significatif sur l'aquaculture. L'objectif principal de ce stage est d'étudier la diffusion spatiale d'OsHV-1 et d'identifier les facteurs environnementaux qui influencent cette diffusion.

Objectifs, programme de travail et résultats attendus :

• 1. Analyse d’un grand nombre de génomes du virus (>400 disponibles) en phylogéographie
• 2. Inventaire, extraction et formatage de données météorologiques et environnementales temporelles et spatiales (ex: température, précipitations, salinité)
• 3. Évaluation de l’impact de ces facteurs (2) sur les vitesses de dispersion des lignées virales (1).
• 4. Implémentation d’une instance de visualisation des résultats sur une plateforme web développée par le laboratoire (modules Netxstrain).

Ce stage offre une opportunité de contribuer à la compréhension de la propagation du virus OsHV-1 et de ses interactions avec l'environnement, avec la possibilité de valoriser les résultats par la publication d'un article scientifique. De plus, il offre une perspective prometteuse pour ceux qui envisagent de poursuivre leur recherche en doctorat dans les domaines de l'épidémiologie et de l’évolution virale.

Compétences recherchées :

Ce stage nécessite des compétences en épidémiologie, en évolution des virus, en statistiques et en programmation bioinformatique.

Pour tout renseignement ou pour postuler, envoyer votre CV et lettre de motivation à maude.jacquot@ifremer.fr ; 05 46 76 26 82