Mots-Clés

mathématiques appliquées PCR python

Description

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis 60 ans, bioMérieux offre des solutions de diagnostic qui déterminent l’origine d’une maladie ou d’une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

Rejoindre bioMérieux, c’est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.

Chaque stagiaire ou alternant est accompagné par un tuteur expérimenté et formé. Il ou elle bénéficie d’un suivi et d’une évaluation l’aidant à progresser et à se préparer à la vie professionnelle.

Développement et évaluation d’algorithmes d’analyse pour les signaux RT-PCR

Quelle est votre mission chez bioMérieux?

La PCR en temps réel (RT-PCR) est une méthode de biologie moléculaire permettant de détecter la présence et de déterminer la quantité d’un pathogène dans un échantillon par l’analyse d’un signal de fluorescence.

Dans le cadre du développement d’un nouveau système de RT-PCR à bioMérieux, un algorithme sera développé permettant d’interpréter des courbes de fluorescence issues de réactions RT-PCR et de délivrer un résultat interprété. Un tel algorithme comprend d’une part une étape de classification binaire (fonction de la présence ou l’absence d’amplification), et d’autre part, une étape de calcul la valeur Ct pour la quantification du pathogène dans l’échantillon.

Au sein du département Data Science, vous contribuerez au développement et à l’évaluation des performances de plusieurs algorithmes dédié à cette tâche.

Vos missions pendant ce stage consisteront à :

• Contribuer à l’harmonisation de plusieurs bases de données expérimentales déjà constituées et annotées par des experts biologistes.
• Evaluer la performance d’un algorithme existant (de type système expert) et proposer un schéma d’optimisation des hyperparamètres grâce la base de données considérée.
• Identifier et implémenter un algorithme de type machine learning pour la classification de séries temporelle biologiques et en comparer les performances avec l’algorithme existant.
• Vous produirez une synthèse de vos résultats (rapport, présentation) à destination des biologistes et/ou ingénieurs systèmes et software.

Qui êtes-vous?

• Vous suivez une formation de niveau BAC+5 en mathématiques appliquées/informatique/traitement du signal avec un intérêt pour le machine learning,
• Vous faites preuve de rigueur et avez un sens de l’organisation,
• Vous êtes à l'aise avec les langages de programmation et maîtrise indispensable de Python. Matlab serait un plus,
• Vous avez une bonne maîtrise de gestionnaires de version (gitlab),
• Votre avez un niveau d'anglais courant,
• Une connaissance du domaine de la biologie moléculaire et du fonctionnement d’une réaction PCR serait appréciée.

Ce stage est basé à Grenoble, pour une durée de 6 mois à partir de Février 2024.

La gratification mensuelle pour un stagiaire est attribuée dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l’étudiant et est supérieure au minimum légal.

 Les + :
• Restaurant d’entreprise avec participation de l’employeur.
• Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.
• Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.