Mots-Clés
Écologie
conservation
Antarctique
phylodiversité
taxonomie
biologie marine
écosystèmes
workflow
FAIR
Galaxy
R
Description
THEMATIQUE
-Titre du projet / du colloque / du sujet de stage
Création d’un workflow pour l’analyse des données écologiques pour la conservation
DESCRIPTIF DU STAGE
-Contexte scientifique ou opérationnel, résumé du projet dans lequel s’inscrit ce stage (750
caractères maximum espaces compris)
Un effort considérable est aujourd’hui nécessaire pour rendre les données écologiques et leur
agrégation sous forme de cartes, d’indices ou de variables essentielles transparentes,
accessibles et reproductibles.
Cet effort, dans le contexte de la conservation des écosystèmes antarctiques est engagé depuis
1991 grâce au Protocole de Madrid. Cependant, les données liées à la taxonomie et les
analyses effectuées sur ces taxons ne sont que rarement facilement accessibles, comprises,
échangeables et réutilisables (FAIR). Or, la mise en place d’outils de protection et de
conservation des écosystèmes exige que les scientifiques ainsi que les décideurs politiques
puissent saisir à leur niveau le contenu et les implications des analyses produites
-Objectifs du stage (750 caractères maximum espaces compris)
Nous proposons de développer un « workflow » applicable au contexte de la conservation des
écosystèmes en Antarctique et une application en utilisant les données produites par nos
analyses de la phylodiversité antarctique.
1- formalisation d’un workflow d’analyse des données d’occurrences taxonomiques
(téléostéens, pycnogonides, ophiures) et de leurs phylogénies
2- intégration de scripts R existant dans la plateforme web Galaxy et incluant notamment
ces étapes :
a. collecte des données d’occurrences sur OBIS et GBIF
b. mise en forme des arbres phylogénétiques existants (greffe de taxons
manquants)
c. calcul des indices de richesse spécifique et de phylodiversité et les indices
standardisés par la méthode de Chao (nombres de Hill)
d. production des cartes de distribution des indices de phylodiversité et des régions phylodiverses
-Démarche expérimentale, méthodes et techniques proposées (750 caractères maximum
espaces compris)
Les données d’occurrences sont disponibles dans OBIS et GBIF et les phylogénies dans
DRYAD. La/le stagiaire développera une interface permettant de moissonner les données
d’occurrences, de vérifier la taxonomie avec WORMS et de nettoyer ces données. Elle/il
intègrera les scripts R déjà disponibles (Kondratyeva et al. In prep) dans la plateforme web
Galaxy et y créera une interface de visualisation des carte de distribution des indices de
phylodiversité.
-Rôle du stagiaire dans le déroulement du projet (750 caractères maximum espaces compris)
La/le stagiaire aura pour rôle 1-d’interroger les bases OBIS, GBIF, DRYAD et WORMS afin
de collecter les données d’occurrences et de vérifier la taxonomie, 2-de produire des outils
Galaxy à partir de packages R (robis, FishPhyloMaker, pez, picante, iNEXT3D,
phyloregions), 3-de créer une interface de visualisation sous Galaxy, 4-d’appliquer le
workflow analytique produit sur le jeu de données circumpolaire, 5-contribuer aux
publications qui en découleront.
-Connaissance ou compétences acquises à l’issue du stage (300 caractères maximum espaces
compris)
Développement de workflows analytiques accessibles, transparents et reproductibles ;
Connaissance du milieu antarctique et des commissions d’experts qui y travaillent ;
Sensibilisation aux standards de données pour la taxonomie ;
Sensibilisation aux principes FAIR et à leur opérationnalisation.