Mots-Clés

Écologie conservation Antarctique phylodiversité taxonomie biologie marine écosystèmes workflow FAIR Galaxy R

Description

THEMATIQUE

-Titre du projet / du colloque / du sujet de stage

Création d’un workflow pour l’analyse des données écologiques pour la conservation

DESCRIPTIF DU STAGE

-Contexte scientifique ou opérationnel, résumé du projet dans lequel s’inscrit ce stage (750

caractères maximum espaces compris)

Un effort considérable est aujourd’hui nécessaire pour rendre les données écologiques et leur

agrégation sous forme de cartes, d’indices ou de variables essentielles transparentes,

accessibles et reproductibles.

Cet effort, dans le contexte de la conservation des écosystèmes antarctiques est engagé depuis

1991 grâce au Protocole de Madrid. Cependant, les données liées à la taxonomie et les

analyses effectuées sur ces taxons ne sont que rarement facilement accessibles, comprises,

échangeables et réutilisables (FAIR). Or, la mise en place d’outils de protection et de

conservation des écosystèmes exige que les scientifiques ainsi que les décideurs politiques

puissent saisir à leur niveau le contenu et les implications des analyses produites

-Objectifs du stage (750 caractères maximum espaces compris)

Nous proposons de développer un « workflow » applicable au contexte de la conservation des

écosystèmes en Antarctique et une application en utilisant les données produites par nos

analyses de la phylodiversité antarctique.

1- formalisation d’un workflow d’analyse des données d’occurrences taxonomiques

(téléostéens, pycnogonides, ophiures) et de leurs phylogénies

2- intégration de scripts R existant dans la plateforme web Galaxy et incluant notamment

ces étapes :

a. collecte des données d’occurrences sur OBIS et GBIF

b. mise en forme des arbres phylogénétiques existants (greffe de taxons

manquants)

c. calcul des indices de richesse spécifique et de phylodiversité et les indices

standardisés par la méthode de Chao (nombres de Hill)

d. production des cartes de distribution des indices de phylodiversité et des régions phylodiverses

-Démarche expérimentale, méthodes et techniques proposées (750 caractères maximum

espaces compris)

Les données d’occurrences sont disponibles dans OBIS et GBIF et les phylogénies dans

DRYAD. La/le stagiaire développera une interface permettant de moissonner les données

d’occurrences, de vérifier la taxonomie avec WORMS et de nettoyer ces données. Elle/il

intègrera les scripts R déjà disponibles (Kondratyeva et al. In prep) dans la plateforme web

Galaxy et y créera une interface de visualisation des carte de distribution des indices de

phylodiversité.

-Rôle du stagiaire dans le déroulement du projet (750 caractères maximum espaces compris)

La/le stagiaire aura pour rôle 1-d’interroger les bases OBIS, GBIF, DRYAD et WORMS afin

de collecter les données d’occurrences et de vérifier la taxonomie, 2-de produire des outils

Galaxy à partir de packages R (robis, FishPhyloMaker, pez, picante, iNEXT3D,

phyloregions), 3-de créer une interface de visualisation sous Galaxy, 4-d’appliquer le

workflow analytique produit sur le jeu de données circumpolaire, 5-contribuer aux

publications qui en découleront.

-Connaissance ou compétences acquises à l’issue du stage (300 caractères maximum espaces

compris)

Développement de workflows analytiques accessibles, transparents et reproductibles ;

Connaissance du milieu antarctique et des commissions d’experts qui y travaillent ;

Sensibilisation aux standards de données pour la taxonomie ;

Sensibilisation aux principes FAIR et à leur opérationnalisation.