Mots-Clés

sequencage, nextflow,

Description

Environnement, Missions, Activités :

La plateforme GeT-PlaGe propose depuis 22 ans ses services dans le domaine de la Génomique à l’ensemble de la communauté scientifique nationale dans les domaines de l’agronomie, l’environnement et l’écologie.

Positionnée sur des technologies innovantes et front de sciences en séquençage, la plateforme dispose des toutes dernières technologies et méthodologies disponibles dans son domaine.

Vous rejoindrez une équipe impliquée et dynamique de 30 personnes.

Contexte :

La plateforme est équipée de plusieurs machines de séquençage en short et long reads. Nous développons des pipelines d’analyse qualité des données qui sont lancés automatiquement en fin de séquençage. Nous avons choisi de développer nos pipelines avec nextflow sur les principes de nfcore. Nfcore regroupe de plus en plus de pipelines de référence pour certaines applications et nous souhaiterions les implémenter également à la suite de nos pipelines d’analyse qualité. C’est dans ce contexte que nous proposons un stage de M2 de 6 mois dans l’équipe de bioinformatique de la plateforme.

Le stagiaire sera encadré par 2 ingénieurs d'études experts au sein de la structure.

Objectif du stage :

L’objectif du stage sera de mettre en place le système d’enchainement des pipelines automatiquement ainsi que la gestion des données pour l’intégration dans notre LIMS. Ces pipelines permettront de traiter des données d’épigénétique (HiC et méthylation) dès la sortie de séquenceur (Illumina et Oxford Nanopore).

Profil :

L’étudiant(e) devra connaître l'environnement Linux et être familier avec le gestionnaire de workflow nextflow ainsi que les différents formats classiques de fichiers bioinformatiques associés (fastq, BAM/SAM, BED, VCF, …). Ce travail nécessitera l’utilisation de langages de programmation pour la manipulation (Shell, Python, Perl) et l'analyse statistique (R) des données. Ce travail sera fait en interaction avec les biologistes et les équipes de recherche impliquées dans ce développement. Une bonne capacité de communication et de travail en équipe est donc attendue pour ce stage. Il sera amené à présenter ses travaux à l’ensemble de la plateforme et devra rédiger des documents permettant l’utilisation de la solution mise en place.