Mots-Clés

génomique, Nextflow, WGS, variants génétiques

Description

Analyse de polymorphismes chez des vaches clonées

Depuis la naissance de Dolly en 1996, il est possible d’obtenir des animaux clonés pour un grand nombre d’espèces. Par exemple le premier veau cloné est né en 1998 [1]. Cependant, l'efficacité du clonage reste faible et variable. Pour évaluer l’efficacité du clonage des bovins, nous avons séquencé le génome complet de 15 animaux clonés [2]. L'objectif du stage est de voir si le clonage permet d’obtenir une copie exacte du donneur ou bien si de nouvelles mutations (néomutations) ont été créées.

Pour cela, après alignement sur le génome de référence bovin, les séquences des 15 clones seront analysées afin d’identifier des variations génétiques. Ces variants (polymorphismes de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) et insertions/délétions) seront ensuite comparés avec le génome de la vache donneuse et le taux de néomutations déterminés. Une annotation fonctionnelle de ces néomutations sera réalisée afin de déterminer leur impact.

Références

[1] Kato et al. (1998). Eight calves cloned from somatic cells of a single adult. Science 282(5396):2095-8. doi: 10.1126/science.282.5396.2095.

[2] Montazer-Torbati et al. (2016). Differences during the first lactation between cows cloned by somatic cell nuclear transfer and noncloned cows. J. Dairy Sci. 99(6):4778-4794.  doi: 10.3168/jds.2015-10532.