Mots-Clés

Transcriptomique Single-Cell RNAseq Lymphocytes T lymphocytes B TCR BCR sclérose en plaques

Description

L'équipe « Neuroimmunologie : Mécansimes et Options thérapeutiques (NEMO) » du Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie Translationnelle (CR2TI)-INSERM U1064, propose un stage de Master 2 d'une durée de 6 mois sous la responsabilité du Pr. David-Axel LAPLAUD. 

Ce stage a pour but l'analyse et l’interprétation de données de scRNAseq de lymphocytes issus de cerveaux, sang, LCR et autres tissus de patients atteints de Sclérose en plaques.

La sclérose en plaques (SEP) est une maladie inflammatoire et démyélinisante du système nerveux central (SNC) dans laquelle les cellules T et B jouent un rôle clé. Les cellules T présentes dans les lésions du système nerveux central proviennent de la périphérie et passent ensuite la barrière hémato-encéphalique. Jusqu'à présent, nous n'avons qu'une connaissance limitée du phénotype des cellules T et B au sein des lésions, car l'accès au SNC des patients est rare et difficile. La comparaison des cellules T à expansion clonale présentes dans les lésions de SEP et dans d'autres organes (y compris le liquide céphalo-rachidien (LCR), le sang, la rate, l'intestin ou d'autres) n'a jamais été réalisée à ce jour.

L'objectif principal de ce projet est de mettre en évidence le phénotype complet des clones de cellules T et B qui envahissent le SNC des patients atteints de SEP en comparaison avec les mêmes clones trouvés dans d'autres tissus (LCR, sang, intestin, rate et graisse abdominale).

Les cellules immunitaires ont déjà été obtenues à partir de lésions du SNC, du LCR, du sang, de l'intestin et d'autres tissus au moment du décès de trois patients. Un séquençage d’ARN en 5' sur cellule unique a été réalisé pour 2 patients. Il sera réalisé pour le 3eme patient d’ici la fin de l’année 2023.

Une large caractérisation phénotypique des cellules T et B envahissant le SNC chez les patients atteints de SEP est justifiée pour mieux comprendre leurs mécanismes d'action et leur implication dans la maladie.

Missions :

- Contribution à l’analyse et à l’interprétation des données de scRNAseq.

- Optimisation et amélioration des pipelines existants 

- Développement de nouveaux pipelines d'analyse si nécessaire

Ces missions seront réalisées sous la supervision d’un thésard de l'équipe (4ème année) et en étroite collaboration avec les biologistes de l'équipe et les bioinformaticiens du CR2TI.

Profil :

- Formation en bio-informatique / bio-statistique

- Notions en analyse de données RNAseq

- Maitrise de R

- Des bonnes notions en immunologie seraient un plus

- Autonomie, esprit d'équipe, bonne communication et bonne présentation des résultats