Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

visualisation - interaction - ensembles - R - Shiny - D3JS

Description

Pré-requis : R – connaissance en RShiny et/ou D3JS – curiosité, autonomie et pro-action-
anglais scientifique

Contexte :
Après la survenue d’un Accident Vasculaire Cérébral (AVC) ischémique, les sociétés savantes et les
autorités sanitaires recommandent, en plus de règles hygiéno-diététiques adéquates, la prescription
de médicaments de prévention : les antihypertenseurs, les antithrombotiques et les hypolipémiants.
Une mauvaise utilisation de ces traitements de prévention secondaire pourrait cependant
compromettre leur efficacité.
Différentes classes pharmacologiques peuvent être utilisés, seules ou en combinaisons, rendant ainsi
la description de l’utilisation de ces traitements au cours du temps complexe. Les techniques de
visualisation classiques anciennes ou plus modernes (Diagramme de Venn/Euler, Upsetplot par
exemple) permettent une forme de représentation des distributions des profils de traitements
rencontrés (visualisation de la situation à un temps donné) mais opposent quelques limitations
(nombre de classes limité notamment pour maintenir une visualisation exploitable) et ne permettent
pas, à notre connaissance, d’évaluer l’évolution des profils (perte ou ajout d’une classe de
médicament) ou les changements de répartitions.
Déroulement du stage:
L'objectif du stage consistera en la mise en place d'un système d'exploration interactif des profils de
traitement, et notamment, permettre l'analyse des modifications de ces profils au cours du temps.
Après avoir vérifié l'adéquation des implémentations existantes d’outils en R-Shiny ou D3JS pour nos
besoins (interactivité et réactivité, filtre des données, etc), le candidat devra mettre en place un outil
de visualisation interactive des changements de profils de traitement et de leurs distributions (perte
ou ajout d'une classe de médicament, etc).
Encadrement : Le stage se déroulera au sein de l'équipe de pharmaco-épidémiologie de l'Université
de Bordeaux (équipe AHeaD du CR1219 Bordeaux Population Health, campus de Carreire) par Julia
Perrier (doctorante) et Julien Bezin (MCU-PH) et sera encadré techniquement par Joris SANSEN (MCF
ENSTBB-CBMN).