Mots-Clés

phylum Dependentiae, Assemblage métagénomique, binning, Annotation de génomes bactériens

Description

Résumé du projet de recherche :

Parmi 112 phyla bactériens actuellement connus, 72 n'ont pas de représentant cultivé, et sont donc
considérés comme des phyla "candidats", souvent désignés collectivement comme la "matière noire
microbienne" [1]. De fait, très peu de branches de l'arbre de vie bactérien ont été caractérisées en ce
qui concerne leur écologie et leur biologie, principalement en raison de l'impossibilité de cultiver ces
microorganismes à l'aide d'approches microbiologiques classiques [2]. Le phylum candidat
Dependentiae (anciennement TM6) est positionné au carrefour évolutif scindant la radiation bactérienne
Candidate Phyla (CPR) d'autres phyla bactériens mieux connus. Les Dependentiae sont dotés de
génomes nettement réduits (de 0,7 à 1,7 Mb), ce qui laisse supposer un mode de vie intracellulaire
strict conservé. A ce jour, plusieurs indices suggèrent des associations symbiotiques avec de multiples
protistes, notamment des amibes libres [3]. Les travaux menés au sein du laboratoire Écologie et
Biologie des Interactions ont notamment permis de collecter de nombreux échantillons
environnementaux, porteur de bactéries du phylum Ca. Dependentiae. Actuellement, un séquençage
métagénomique ultra profond d’une cohorte de 10 échantillons positif aux bactéries d’intérêt est en
cours, dans le but de récolter des informations génomiques sur ces bactéries.
Le projet de stage aura donc pour objectif de traiter des données de issues de métagénomique
générés par séquençage Illumina, via une approche ‘génome centrée’, afin d’isoler et reconstituer
des génomes des bactéries du phylum Ca. Dependentiae.

Techniques envisagées :
Contrôle qualité de séquences Illumina
Assemblage métagénomique
Approche de binning pour la reconstitution de génomes
Annotation de génomes bactériens.

Références bibliographiques
1. Parks DH, Chuvochina M, Chaumeil P-A, Rinke C, Mussig AJ, Hugenholtz P. Selection of
representative genomes for 24,706 bacterial and archaeal species clusters provide a complete
genome-based taxonomy. bioRxiv . 2019. bioRxiv.
2. Castelle CJ, Banfield JF. Major new microbial groups expand diversity and alter our
understanding of the tree of life. Cell 2018; 172: 1181–1197.
3. Weisse L, Héchard Y, Moumen B, Delafont V. Here, there and everywhere: Ecology and biology
of the Dependentiae phylum. Environ Microbiol 2022.