Mots-Clés

Génomique de la levure annotation génomique des populations NGS

Description

Présentation de INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail

L’ingénieur d’étude intégrera pendant un an l’équipe du CIRM-Levures qui est un Centre de Ressources Biologiques (CRB) pour les levures d’intérêt alimentaire et biotechnologique. Cette collection internationale est rattachée à l’Unité Mixte de Recherche Sciences Pour l’Oenologie (SPO, UMR 1083, INRAE, Université de Montpellier et Institut Agro Montpellier). L’unité regroupe 60 agents permanents de INRAE, de l'Institut Agro Montpellier et de l'Université Montpellier, ainsi que 45 à 50 agents non permanents sur l'année. L’ingénieur sera sous la supervision de Jean-Luc Legras, Ingénieur de Recherche et Directeur du CIRM-Levures et de Hugo Devillers, Ingénieur de Recherche en Bioinformatique dans l’équipe Adaptation, Diversité, Ecologie des Levures (ADEL).

Contexte et missions

Le développement des techniques de séquençage haut-débit offre aujourd’hui de nombreuses possibilités pour caractériser et comparer les génomes des organismes. Le CIRM-Levures a pour objectif de séquencer la majorité des souches/espèces de levure de sa collection dans le but : 1) de mieux caractériser génétiquement chaque souche ; 2) Comparer les souches (génomiques des populations) ou les espèces (génomique comparée); 3) Identifier et/ou développer de nouvelles méthodes pour la taxonomie et la phylogénie des levures. Le CIRM-Levures a déjà séquencé un grand nombre de souches/espèces de levures et un certain nombre de projets d’analyses sont en cours. Ces travaux s'inscrivent dans le cadre de différents projets de recherche propres au CIRM-Levures ou en collaboration avec d’autres partenaires.

Dans ce contexte, l’ingénieur recruté pourra participer à :

• L’assemblage et l’annotation de génomes de levures de très haute qualité (génomes de référence), à partir de données PacBio HiFi, combiné avec des données RNA-Seq pour la validation des modèles de gènes,
• Projet Metschnikowia pulcherrima : revoir la taxonomie de ce clade de levures au regard des données génomiques et réaliser une étude de génomique des populations de cette espèce.
• Projet Aureobasidium pullulans : réaliser une étude de génomique des populations de cette espèce.
• Projet Kmer : reprendre et terminer une étude sur l’utilisation des approches sans alignement pour comparer des génomes de levures et notamment répondre à des questions de phylogénomique.

Pour réaliser ces missions, l'ingénieur aura accès notamment au serveur de calcul du laboratoire.

Activités

Les activités de l’ingénieur d’étude recruté seront : 

• Conduire des traitements de données et des analyses en bio-informatique,
• Validation manuelle des annotations de génomes de levures (sur la base de données RNA-Seq),
• Réaliser une veille technique des outils nécessaires à la réalisation des missions,
• Mettre en place des pipelines d’analyses,
• Gérer les données génomiques et prendre en charge leur dépôt sur les bases de données publiques.

Pour certaines de ces activités, l’ingénieur recruté sera formé en interne.

Formations et compétences recherchées

Le candidat devra être diplômé de Master 2 (bac+5) ou d’une école d’ingénieur en bio-informatique. Une maîtrise de l’environnement Linux (BASH) ainsi que d’un langage de programmation (e.g., Python, Perl) est indispensable. Une expérience en traitement de données génomiques est fortement souhaitée.

Descriptif de l’offre

• Contrat : CDD IE
• Durée : 1 an 
• Début du contrat : 01/03/2024 
• Rémunération brute : 2136 € par mois