Mots-Clés

Plateforme multi omiques, antibiorésistance, développement WEB, base de données, interfaces programmatiques

Description

CONTEXTE:

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé (INBS) qui fédère 36 plateformes et équipes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI). l'IFB a pour mission d'offrir un appui à la recherche en science du vivant en déployant une infrastructure numérique, des ressources logicielles, des services en bioinformatique et des formations en anticipant les développements futurs du domaine et de en participant aux innovations méthodologiques. Les activités de l'IFB couvrent la diversité des domaines thématiques de toutes ses tutelles : recherche fondamentale, santé, environnement et agronomie.
L'IFB est impliqué dans plusieurs projets applicatifs nationaux d'envergure dans différents domaines des Sciences de la Vie et de la Santé dont le projet ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique pour collecter, analyser, organiser et rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées pour la recherche et la surveillance de la résistance aux antibiotique cliniques et épidémiologiques. ABRomics repose sur un réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques, des bioinformaticiens et mathématiciens et la communauté de recherche au sens large. ABRomics fournira une infrastructure unique de stockage et d'analyse des données dont le développement sera assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.
Dans ce contexte, l'IFB recrute un développeur Web afin de contribuer à la mise en place du portail d'analyse et d'interrogation de la base de données ABRomics. L'interface utilisateur simple et ergonomique permettra le lancement de workflows d'analyse développés par le consortium et s'appuiera sur l'instance usegalaxy.fr pour le chaînage des outils et la soumission des jobs sur le cluster de l'IFB. La personne recrutée rejoindra une équipe de 6 personnes délocalisées sur plusieurs plateformes de l’IFB, en charge du développement de la version beta de la plateforme ABRomics.

ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL:

La personne s'intégrera dans l'équipe de la PF de bioinformatique (Hub bioinfo) et sera directement encadrée par un ingénieur , en étroite collaboration avec plusieurs autres ingénieurs de l'IFB impliqués dans le développement de la plateforme numérique ABRomics.
L’équipe de développement est située sur différents sites, un travail régulier en distanciel est obligatoire.
Il/elle participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB et du projet ABRomics pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements scientifiques.

MISSIONS et ACTIVITES:

Dans le cadre du projet ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique pour l'antibiorésistance, l'IFB recrute un développeur Web backend (H/F). La personne recrutée aura pour principale mission, de participer au développement de nouvelles fonctionnalités du portail d'analyse et d'interrogation de la base de données ABRomics à destination des cliniciens et utilisateurs de la plateforme.

Les activités de l'ingénieur recruté seront les suivantes:

- Conception et développement de bases de données
- Conception d’interfaces programmatiques (API Rest)
- Participation à des réunions avec les différentes plateformes du consortium concernant le développement de l’interface utilisateur et des bases de données
- Rédaction de documentations pour les usagers, les administrateurs et les développeurs

COMPETENCES:

Expérience :
- Doctorat/Grande école en Bioinformatique ou informatique
- Expérience de framework web requise (Django est un plus)
- Expérience avec le framework Nuxtjs serait un plus
- Expérience dans le développement collaboratif (ex, GitHub/GitLab) et de ressources ouvertes serait un plus

Connaissances:
- Conception de modèles de base de données et d'architectures Modèle-Vue-Contrôleur
- Bonne connaissance du modèle objet et des principaux patrons de conception (design patterns).
- Bonne connaissance de l'outil de versionning Git et des outils associés: Github, Gitlab
- Bonne connaissance de l'intégration et du déploiement de services Web et API sur une infrastructure (django/python)
- Bonne connaissance de la conception et du requêtage de bases de données SQL

Compétences opérationnelles : 
- Python 3
- Django (django REST framework)
- API Rest
- Base de données Postgresql
- La connaissance de compétence DevOps est un plus : intégration continue, Ansible, …
- Systèmes de contrôle de version : git
- Cycles de développement et de gestion logicielle
- Formats d'échange de données (e.g. JSON, YAML)

Compétences comportementales :
- Travail en équipe
- Communication, écoute et dialogue avec des collaborateurs d’autres disciplines, afin d’exposer les options technologiques et de discuter de leurs conséquences.
- Autonomie, Rigueur
- Être force de proposition