Mots-Clés
génomique
transcriptomique
biostatistique
microalgues
diatomées
Description
Activités
La lumière est essentielle à la vie. Pour les organismes photosynthétiques tels que les microalgues, la lumière est à la fois une source d'énergie pour la photosynthèse et une source d'informations sur l'environnement. La lumière peut également devenir nocive si elle est trop intense et affecte fortement la physiologie et le métabolisme de ces organismes. Les réponses des microalgues à la lumière reposent sur des processus de régulation multiples et fortement interconnectés dans le noyau et dans les organites aux niveaux transcriptionnel, post-transcriptionnel ou traductionnel. L'ingénieur/ingénieure de recherche en bioinformatique recruté/recrutée sera d'abord impliqué(e) dans un projet visant à caractériser les voies de régulation moléculaire orchestrant les réponses à la lumière chez les diatomées, organismes phytoplanctoniques prédominants dans les océans contemporains. Il/elle sera responsable de la gestion et du traitement de diverses données génomiques et de séquençage à haut débit (données génomiques, transcriptomiques, ChIP-seq et éventuellement métagénomiques) dans le but de reconstruire le(s) réseau(x) de régulation de l'horloge circadienne des diatomées.
Activités
• Analyses de données de séquençage à haut débit (génomique, transcriptomique, ChipSeq, et métagénomique) pour l'analyse des réseaux d'horloge circadienne et d'autres régulateurs de lumière chez les diatomées.
• Définir le plan de collecte de données le mieux adapté à cet objectif (cartographie/assemblage de données, expression différentielle, analyse multivariée, statistiques, modélisation, appel de variants...).
• Concevoir et développer la structure des bases de données et des systèmes d'information pour la collecte, la structuration, le stockage et la mise en relation des données, conformément aux principes directeurs FAIR.
• Diffuser et promouvoir les résultats et les réalisations technologiques sous la forme de rapports, de publications et de présentations orales à l'intention des biologistes.
• Assurer une formation interne aux principes et à l'application des techniques d'analyse des données biologiques.
• Assurer et organiser une veille scientifique et technologique sur les développements méthodologiques liés aux activités de recherche de l'équipe.