Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

bioinformatique virologie phylogénie base de données NGS

Description

L'Hôpital Saint Louis, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (APHP), recherche activement un·e Bio-informaticien·ne pour intégrer son équipe au sein du Centre National de Référence du VIH (CNR VIH). Ce poste en contrat à durée déterminée (CDD) d'une durée initiale de 12 mois est renouvelable jusqu'à 5 ans et s'adresse à un professionnel possédant un Master 2 ou un Doctorat en biologie ou bioinformatique.

Le ou la Bio-informaticien·ne aura pour mission principale de créer et de gérer une base de données nationale de séquences, visant à améliorer la surveillance de la dynamique épidémique du VIH en France. Cela permettra l'identification de la résistance primaire aux antirétroviraux (ARV) ainsi qu'aux nouvelles molécules telles que les inhibiteurs de capside ou les anticorps monoclonaux. La phylogénie permet également l'identification en temps réel de réseaux de transmission qui pourront conduire à des actions de dépistage, de traitement ou de prévention. En outre, le ou la  Bio-informaticien·ne aura pour responsabilité d'analyser les séquences NGS afin d'identifier des variants minoritaires ou de reconstruire des génomes complets.

Ce poste exige une solide maîtrise des méthodes d'analyse génétique. De plus, le candidat devra posséder une expertise dans au moins l'un des langages de programmation tels que Python, Bash ou R.

Les compétences suivantes sont requises pour ce poste :

• Expérience avérée en analyse de NGS
• Connaissances en gestion de bases de données
• Expertise en analyse phylogénétique
• Maîtrise d'au moins un langage de programmation (Python, Bash, R ou autre)
• Capacité à travailler efficacement en équipe et en collaboration avec des chercheurs et des médecins
• Excellentes compétences en communication orale et écrite, en français et en anglais.