Mots-Clés

Bio-informatique, Machine Learning, Analyse de données, Recherche fondamentale, Immunologie, Biologie, Laboratoire, Développement, R, Shiny, Javascript, Interface

Description

Description de l’entreprise et du stage

IDMIT est une infrastructure nationale pour la biologie et la santé, dédiée aux recherches précliniques via le développement de nouveaux modèles animaux. Au sein du laboratoire, l’équipe IBI (Informatique et Bio-Informatique) développe des outils pour la gestion, le stockage et l’analyse des données de recherche générées. Dans le cadre du développement continu d’un pipeline R d'analyse de données de cytométrie, entamé en 2022, l’équipe cherche un stagiaire qui contribuera à enrichir l’outil avec une interface graphique innovante. Ce projet vise à offrir une solution complète et intégrée pour l'analyse avancée de données de cytométrie, en mettant l'accent sur l'accessibilité, l’intuitivité et l'efficacité pour les chercheurs en immunologie, pas toujours familiers avec la programmation et la bio-informatique pour le traitement et la visualisation des données.

Missions

Prise en main : Se familiariser avec l’outil, comprendre sa fonction, les besoins qu’il sert.

Conception et Développement : Participer à la conception et au développement de l'interface graphique en utilisant le langage R (notamment le package Shiny) et Javascript pour une expérience utilisateur optimale.

Intégration de Données : Travailler sur l'intégration et le traitement des données de cytométrie, en assurant la compatibilité et la performance de l'outil.

Test et Optimisation : Réaliser des tests pour garantir la fiabilité de l'interface et proposer des améliorations pour optimiser les performances et l'expérience utilisateur.

Collaboration : Collaborer étroitement avec les équipes de recherche pour comprendre leurs besoins et intégrer des fonctionnalités spécifiques au domaine de l'immunologie.

Compétences Requises 

Bon niveau en R.

Connaissance en analyse de données non supervisée (Clustering, Réduction de dimension) et autres techniques d’AED (analyse exploratoire de données).

Avoir déjà utilisé l’outil Shiny, que ce soit en cours, TP ou stage.

Quelques bonnes connaissances en Javascript sont appréciées.

Anglais : Niveau B2 requis (probables interactions en anglais avec des chercheurs non francophones)

Profil Recherché 

Étudiant(e) en informatique, bio-informatique, ou dans un domaine connexe, à la recherche d'un stage (conventionné) dans le cadre de ses études (Deuxième année d’école d’ingénieur ou master 1).

Avoir un intérêt certain pour la biologie, et plus particulièrement pour l'immunologie et la vaccinologie.

Être force de proposition, curieux(e) et autonome dans la réalisation des tâches.

Être également capable de travailler en équipe, collaborer avec des collègues de différentes formations (biologistes, etc.). 

Avoir un fort intérêt pour la recherche académique, ou bien être intéressé(e) par une première expérience dans le domaine.