Mots-Clés

Biologie marine Gestion de données

Description

Missions

La/Le Responsable Scientifique de la Gestion des Données (Chief Data Manager) d'AO-EMBRC assurera le suivi et la gestion des données collectées dans le cadre du projet, qui sont de nature diverse (génomique, imagerie, taxinomie classique, physico-chimie, etc). Il/elle suivra leur génération, leur recensement, leur intégration dans les processus d'analyse, leur interopérabilité avec les bases de données de références existantes et leur mise à disposition pour le public.

Activités

● Animer des ateliers d'expression des besoins internes puis rédiger la spécification des besoins en identifiant les solutions déjà existantes et en écrivant le cahier des charges de celles à développer
● Mettre en œuvre des systèmes d'information existants ou en concevoir de nouveaux permettant de collecter, structurer, stocker, qualifier et mettre en relation les données initialement collectées, avant leur envoi vers des systèmes d'information internationaux
● Assurer une veille technologique concernant les solutions techniques pour gérer les grands volumes de données et suivant les principes F.A.I.R. et directives institutionnelles
● Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de l'analyse des données biologiques
● Participer à la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales
● Pour les nouvelles collectes de données, participer à la définition du plan d'étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé
● Animer des réseaux professionnels d'échange de compétences

Compétences

Connaissances :
● Maîtriser les outils et concepts lié à la gestion, l'interopérabilité et à la diffusion ouverte de données multimodales
● Maîtrise d'un langage de programmation et de traitement de données (Python, R, Perl) en environnement Unix/Linux.
● Maîtrise de la gestion de grands volumes de données sous forme de base SQL, ou no-SQL ou de collections de fichiers tabulaires (csv, parquet, etc.)
● Culture du domaine
● Connaissance du stockage, traitement et analyse des données (de génomique et/ou imagerie et/ou taxinomie et/ou physico/chimie)
● Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Compétences opérationnelles :
● Coordonner la définition et garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
● Mettre en œuvre une démarche qualité

Contexte de travail

Au sein de Sorbonne Université, le Centre National de Ressources Biologiques Marines (EMBRC-France) est une infrastructure de recherche (IR) nationale en biologie et écologie marines, lauréate du Programme Investissements d’Avenir (PIA) et portée par Sorbonne Université et le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). Elle implique les trois stations marines sous tutelle de Sorbonne Université et du CNRS, sur les sites de Roscoff (Station Biologique de Roscoff, SBR), Banyuls-sur-Mer (Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer, OOB), et Villefranche-sur-Mer (Institut de la Mer de Villefranche, IMEV). Cette infrastructure nationale constitue le nœud français de l’ERIC EMBRC, infrastructure européenne de recherche en biologie et écologie marines, dont le siège est situé à Sorbonne Université.
EMBRC-France a pour missions de soutenir la recherche sur les organismes et les écosystèmes marins, et de favoriser leur exploration et leur exploitation durables. Les champs scientifiques d’EMBRC-France sont la biologie marine, l’écologie marine et l’océanographie biologique.
Le projet « Observatoires Augmentés du Centre National de Ressources Biologiques Marines (EMBRC-France) », AO-EMBRC, vise à soutenir et développer des observatoires augmentés de biologie marine en France, afin de mener des études de suivi temporel des communautés d’organismes marins sur plusieurs sites des côtes métropolitaines.
Dans ce contexte, il est primordial d’établir et de maintenir l’intégrité et l’homogénéité des diverses données depuis leur collecte sur les sites étudiés jusqu’à leur mise à disposition au sein de la communauté scientifique partenaire du projet puis leur diffusion à l’ensemble de la communauté scientifique au travers des entrepôts de données existants.
La/Le Scientifique Responsable de la Gestion des Données (Chief Data Manager) sera localisé à l’IMEV, avec de fortes interactions avec les autres stations de biologie marine (Banyuls et Roscoff) ainsi qu’avec le CEA / Genoscope à Evry (en charge du pilotage de cette partie du projet).

Localisation : FR3761 Institut de la Mer de Villefranche (IMEV) 181 Chemin du Lazaret, 06230 Villefranche-sur-Mer.

Contraintes et risques

Conditions particulières d’exercice :
? Interactions indispensables avec l’ensemble des interlocuteurs
? Déplacements réguliers sur les différents sites des partenaires du projet

Informations complémentaires

L'employeur sera SORBONNE UNIVERSITE
Contact Lionel Guidi : lionel.guidi@imev-mer.fr

Diplôme réglementaire exigé :
● Doctorat, diplôme d'ingénieur, Master 2 avec expérience
● Domaine(s) de formation souhaités : Data management, bio-informatique, biologie, océanographie, écologie