Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Analyses pangénomiques, transcriptomiques, épigénétiques, protéomiques,Neurosciences, Psychiatrie

Description

L’objectif est de mettre en relation les résultats d'analyses « omiques » avec des données biologiques et/ou cliniques. L’ingénieur-e aura en charge une mission de service, comprenant de la bio-analyse et des développements informatiques, au sein de la nouvelle plateforme d’Analyse Bioinformatique de l’IPNP (https://ipnp.paris5.inserm.fr/) en collaboration avec l'ensemble des équipes de recherche en biologie et en clinique. Il s'agit d'un poste CDD Handicap INSERM, accessible à une personne en situation de handicap, avec titularisation possible après un an en qualité de fonctionnaire-stagiaire.

Activités Principales

• Analyser et formaliser les besoins des utilisateurs en lien avec l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), PRAIRIE et le GHU-Paris.
• Proposer des solutions d’analyse adaptées aux biologistes et intégrer les logiciels les plus pertinents.
• Gérer les flux de données et leur stockage et accessibilité.
• Organiser et réaliser le recueil et la collecte des données brutes, le contrôle qualité et la préparation pour l’analyse.
• Analyser les données omiques (analyse du génome, du méthylome, du transcriptome y compris les analyses statistiques) et accompagner les chercheurs dans leur interprétation biologique.
• Rédiger et publier en ligne des tutoriels pour l’utilisation des logiciels bioinformatiques.
• Transmettre son savoir-faire et indiquer les formations ou les tutoriels adaptés.
• Assister les utilisateurs dans leur utilisation de l'environnement d'analyse bioinformatique.
• Assurer la veille scientifique, méthodologique et technologique en informatique et bioinformatique de la plate-forme.
• Assurer le suivi des mises à jour logicielles et des banques de données.
• Participer au déploiement et à la maintenance de l'infrastructure logicielle de la plateforme : serveurs web, machines virtuelles, utilisation des ressources « cloud ».
• Réaliser la présentation graphique des données.
• Valider et diffuser les résultats et les réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales, enseignement.
• Animer des actions de formation et d’enseignement sous l’égide des organismes de tutelle.
• Animer des réseaux professionnels d’échange de savoirs et de savoir-faire.

Connaissances

• Bonnes notions de génétique moléculaire (ADN, ARN).
• Connaissances approfondies sur les méthodes d'analyse et de traitement des données.
• Connaissances en programmation Linux, Python, SQL et R.
• Des connaissances en neurosciences seraient un plus
• Capacité d’écoute et disponibilité auprès des utilisateurs.

Savoir-faire

• Double compétence en informatique et en biologie
• Maîtriser les outils statistiques utilisés pour ce type d’analyse.
• Bon niveau d’expression et de compréhension écrite et orale en anglais (utilisateurs anglophones).
• Coordonner et planifier les différentes phases d’une analyse « omique », depuis les données brutes, jusqu’à la signification biologique.
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats.
• Adapter ou concevoir, exécuter et évaluer des scripts de traitements (workflows).
• Capacité à mener des actions de formation et à suivre la montée en compétences des personnels de l’institut.
• Travailler en interaction étroite avec des biologistes et cliniciens et avec des informaticiens, notamment avec l’IFB.
• Récupérer, installer et lancer les outils bioinformatiques. Evaluer leur adéquation au traitement souhaité.

Aptitudes

• Capacité d’écoute et disponibilité auprès des utilisateurs. Comprendre leurs besoins pour proposer les outils et traitements adaptés aux analyses qu’ils souhaitent effectuer.
• Rigueur, organisation, autonomie
• Être ouvert, réactif, évolutif
• Faire preuve d'une grande adaptabilité, dans un contexte de travail multi-métiers /multi-équipes.
• Implication et prise d’initiatives
• Aptitude à communiquer dans un environnement scientifique
• Confidentialité.

Expérience souhaitée

• Expérience d'interaction avec des biologistes dans des projets d’analyses de données.
• Expérience dans le développement informatique en équipe.
• Une expérience en traitement des données épigénétiques (microARN, méthylation sur puce Infinium ou séquençage) et en séquençage Nanopore serait appréciée.