Mots-Clés

Gestion de données FAIR données multi-omiques/imagerie single-cell

Description

Contexte

L'Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d'un hôpital, et d'un Centre de Recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale. L’objectif du Centre de Recherche de l’institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade.

Le consortium national Cell-ID est un Programme et Équipements Prioritaires de Recherche (PEPR) dont l’objectif est d’identifier des signatures cellulaires et moléculaires précoces pour détecter la maladie et corriger des aberrations de destin cellulaire dès leur apparition. Avec l’ambition d’engager en France une dynamique vers une médecine cellulaire d’interception, Cell-ID a choisi comme application le développement neural et les cancers pédiatriques du cerveau. Une trentaine de laboratoires multidisciplinaires (Biologie, Physique, Sciences Informatiques, Mathématiques, Chimie, Médecine) du CNRS, de l’Inserm, d’institutions comme l’Institut Curie, d’universités, d’hôpitaux et d’industriels sont partenaires. Pour relever ce défi, Cell-ID va générer de nombreuses données à partir de différentes technologies innovantes à haut-débit comme l’imagerie, la microscopie, le séquençage, etc. qui serviront à la modélisation des trajectoires cellulaires avec des techniques d’intelligence artificielle. La gestion efficace et coordonnée de toutes ces données entre les différents partenaires sera le rôle du poste proposé. L’objectif étant de constituer un atlas qui servira de base de connaissance à la communauté scientifique internationale.

Missions

Le chef de projet sera rattaché à la plateforme de bioinformatique de l’Institut Curie (20 personnes) qui est impliquée dans la gestion de données de plusieurs projets institutionnels, nationaux et internationaux. Il évoluera dans un environnement multidisciplinaire en interagissant au quotidien avec des biologistes, des cliniciens, des responsables de plateformes biotechnologiques, des data managers, des développeurs logiciels, des bioinformaticiens, etc. Il devra en outre :

• Recueillir les besoins des différents partenaires du projet pour assurer la gestion du patrimoine des données produites, leur requêtage et leur exploitation pour produire de nouvelles connaissances

• Coordonner la collecte, la traçabilité, l’organisation et la gestion des accès aux données pour les membres du consortium

• Rédiger des procédures sur la gestion et la production des métadonnées et le transfert des données entre partenaires

• Communiquer avec l’ensemble des partenaires pour assurer le suivi des flux de données

• Assurer le contrôle qualité et la cohérence des données intégrées

• Rédiger des spécifications à destination des développeurs de l'écosystème applicatif pour prendre en compte les besoins du consortium pour le requêtage et la visualisation du patrimoine de données

• Tester les nouvelles fonctionnalités développées dans l’écosystème applicatif

• Réaliser un travail de veille technologique et évaluer des solutions logicielles pour visualiser les données

• Restituer périodiquement des métriques (graphes, statistiques) sur la nature des données intégrées

• Participer à la rédaction des rapports demandés par l'ANR

Profil du candidat

Titulaire d’une thèse ou d'un diplôme d'ingénieur vous faites preuve d'un fort intérêt pour le domaine des sciences biomédicales et disposez des compétences suivantes :

• Maîtrise des concepts de gestion de données et des principes FAIR

• Expérience significative dans la gestion de projet d’envergure nationale et/ou internationale

• Sens de l'organisation et de la démarche qualité

• Connaissance des biotechnologies à haut-débit (séquençage, imagerie, etc.)

• Très bon relationnel et compétence en restitution orale

• Forte culture scientifique pour comprendre les enjeux

• Intérêt pour l’informatique

• Anglais lu, écrit, parlé

Avantages

• 32 CP + RTT

• Possibilité de télétravail

• Mutuelle familiale

• Offres du comité social et économique de l’entreprise

• Restaurant d’entreprise